故事发生在中国。在东海有一个神秘的小岛，被称为愿望岛，只要你将信寄往愿望岛，就会有神秘的小天使来帮助你实现愿望。而这个神秘的小天使就是松鼠特遣队。每天，在愿望岛的特遣队基地中，队长张果果都会收到从中国各地发来的愿望信件，当收到这个愿望信件之后，张果果就会派遣松鼠特遣队前往发信地，帮助那里的孩子实现愿望。松鼠特遣队的每个成员都拥有自己独特的能力，他们会运用自己特有的能力合作解决问题。但是，只有孩子们能够看见松鼠特遣队，大人们不会相信特遣队的存在，而松鼠特遣队也要在不让大人们看到自己的情况下完成各种任务。松鼠特遣队任务的目的地将会是全中国各个地方，在完成任务时，他们能够看到整个中国的风土人情，还有中国的特色建筑等等。
遥远银河彼端，闪耀着一颗孕育魔法神力的星球——维尔哈伦。大陆上存在着四个迥然各异的国家。来自南国的少年界海机缘巧合下进入一间名为“时之歌”的神秘藏书阁打工，在工作过程中结识了来自不同国家的神秘客人，而这些错综复杂的关系有意无意地将他卷入一场深关大陆命运的漩涡……
熊大、熊二、光头强意外地和来自未来世界的小亮一起穿越到100年后：世界发生巨大灾变，孢子植物全面侵占，人类在末日中艰难求生，整个地球危在旦夕！而这一切的罪魁祸首竟是......光头强？！ 100年前究竟发生了什么？小亮是敌是友？光头强为何背负恶名？人类命运最终会走向何方？熊强三人组能否穿透这层层迷雾，重启未来？
少年秦墨为寻双亲被害真相，踏出间荒禁地，誓要成为全能高手，争做这天地霸主！一人一狗，坑蒙拐骗，一路逆袭，注定要掀起一场腥风血雨。
《魔晶猎人》是一部架空世界观的少年热血动作冒险题材动画系列片，是专门针对青少年成长阶段话题而创作的动画作品。在“魔晶”能量体系下和人类与精灵龙兽共存的幻想世界中，几个少年为了实现成为魔晶猎人的梦想，寻找自由和爱的意义，在与精灵龙兽的竞技中，不断成长，最终成为懂得宽容、懂得生命可贵的真正勇者和龙兽最好的朋友。
