以南葛中和东邦学园同时夺冠而落下帷幕的全国中学生足球大会。 大会后，面向在法国巴黎举办的国际少年青年大会 日本少年青年代表被选出了。 除了发誓向世界飞跃的翅膀之外，日向、若岛津、若林、海角的海外组等最强的布阵。 另一方面，以实力超过日本的世界足球大国也开始行动了。 德国的施耐德、法国的皮埃尔、阿根廷的迪亚斯、意大利的赫尔南德斯等新的竞争对手们也为了获得世界第一的宝座而聚集在巴黎。
大资本家的千金美津子（平野绫 配音）父母双亡，被叔叔一家收养。在叔叔家的生活令美津子深感压抑绝望，因为她知道，他们一直都觊觎着她所继承的巨额财产，希望她尽早死去，为此甚至不惜使出了投毒的卑鄙手段。某天，一个自称二十面相（内田夕夜 配音）的男子出现在了美津子的面前，他告诉美津子自己是一名侠盗，并且邀请美津子加入他的世界和他一起去冒险，美津子毫不犹豫的答应了。 在新的世界里，美津子结识了各种各样二十面相的伙伴，然而奇怪的事情也开始逐件发生，在解开这些事件真相的同时，美津子发现，许多的疑点都指向了“二十面相的遗产”的谜团。同时，一些不知名的危险也在逐渐接近二十面相。
拥有大量资产的神户家少爷大助前往赴任之处， 是仅会接收在警视厅引发问题之人的 「现代犯罪对策本部准备室」，通称「现对本部」。 大助在那里与重视人情的男人·加藤春组成了搭档。 面对连人命都以价钱衡量的大助，加藤以「世上并非只有金钱」加以反驳。 而各种各样的事件和谜团，阻挡在这对立的2人面前。 超越常识的搜查现在开始——！
结城梨斗（渡边明乃 配音）正派开朗，细心友善。一直以来，梨斗都暗恋着青梅竹马西连寺春菜（矢作纱友里 配音），可是，对于恋爱一窍不通的梨斗只是将这份强烈的感情深深的埋藏在心底。终于，梨斗再也无法压抑心中对于春菜的爱意了，再三地鼓起勇气，他决定向春菜表白。 一次偶然中，一位名叫菈菈（户松遥 配音）的女孩从天而降出现在了梨斗的面前，在阴差阳错之间，菈菈竟然成为了梨斗的告白对象，就这样，梨斗和自称是外星公主的菈菈开始了同居生活。也就是从这时开始，杀手暗影（福圆美里 配音）、菈菈的妹妹娜娜（伊藤加奈惠 配音）和梦梦（丰崎爱生 配音）等人接二连三的来到了梨斗的身边。
在“神化”时代的东京，充斥着无数的英雄——“超人”。 他们的诞生理由各有不同。 既有被邪恶组织改造的人，也有来自宇宙的人。 既有来自魔法世界的人，也有来自古代、身为妖怪而生的人。 既有被科学家制造出来的机器人，也有超自然的史前机器人。 对于这些超人的跋扈，日本政府绝不打算坐视不管——
曾经，因为不满宙斯的残暴统治，由麒麟由达（石田彰 配音）和凤凰路卡（绿川光 配音）带领的天使们开始了反抗天界的叛乱。作为敌对方，天界派出了青龙豪（森川智之 配音），玄武真（樱井孝宏 配音），朱雀礼（宫田幸季 配音）和白虎凯（吉野裕行 配音）四圣兽来镇压叛乱，最终，由达和路卡被封印，而四圣兽也因为各自的原因而封印了能力流落到人间。 故事从四圣兽打破封印的时刻开始，一股来自地狱的邪恶力量正在危害人间的和平和安全，为了保护世人，四圣兽决定重新开始漫长的战争。而站在这股邪恶力量背后的，正是他们曾经的伙伴和敌人——由达和路卡。
