李无妄某天突然觉醒，发现自己作为反派，正挟持万潮宗圣女晚筝出逃。就在李无妄还没反应过来时，面前出现的“系统”则快速向其发布了任务：剥夺天命之人的天命值。要么完成任务活下来，要么任务失败，成为死于天命主角剑下的蝼蚁。
该动画通过展现伏羲与恶劣的自然条件斗争，克服重重困难，最终带领族民走向繁荣昌盛，展现了中华民族自强不息的奋斗精神。
小羊们被卷入一个毁灭世界的惊天阴谋，穿梭在混乱的时间轴里，拯救被扰乱的时空。在这一次的冒险中，他们穿梭历史，回到过去，帮助一个个受到影响的老朋友，更在这一过程里，发现一些当年隐藏在背后的真相，在逐步接近的灭世危机中，小羊们该如何保护眼前的朋友们呢？
一段消失在尘烟的文明，远古的大佬们谋求着各自的成皇之路。一颗本为棋子的现代青年姜浩，为了找寻父亲的下落，踏入史前的大荒。借着自身并不完整的“充电宝”图腾，他与人斗，从原始部落到神秘的古城，他杀出一条生路；他与地斗，穿越大荒，猎杀远古的凶兽，从凶兽的身上，学会古老又神秘的图腾巫术；他与天斗，天外魔光乍现，要吞噬这瑰丽的六荒之地，他逆流而上，点燃自己，化为太阳，与天魔而战！搅天动地的他，殊不知命运的枷锁已经将其套牢，而父亲的微笑依然萦绕。
天元的宇宙决战后，濒死的罗煞在千钧一发之际，被远古超文明时代爆裂帝王——猎天魄所救，来到地球。罗煞为了复仇，企图集齐6枚隐藏在遗迹里的爆裂晶片，复活猎天魄，利用其征服世界。飞伦和擎锋从天元宇宙胜利归来，高兴之余在极寒之境遗迹中再度遇见被打败的罗煞，得知其意图复活猎天魄、统治世界的野心。于是飞伦、擎锋与周皓博士联手，开始了抢夺爆裂晶片、阻止猎天魄复活的行动，踏上了前往世界各地的遗迹之旅。
在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
