东方神娃化为光明之土和水飞向失去光明的太阳和月亮，天下重现光明。但黑暗势力经过漫长岁月的重生，培育出了黑暗斗士，侵袭人间，人类面临危机。为了平息浩劫，东方神娃经过太阳和月亮的再造又返回天下。可是黑暗斗士把天下猛兽变成了猛兽斗士，成为黑暗的杀手，人类与动物的战斗开始了。东方神娃经过自己的努力感化了猛兽斗士们，并与宇宙斗士们一起再次打败了黑暗之势，拯救了和平的地球。神娃到底依靠什么一次次化险为夷，并战胜了强大的黑暗斗士呢？迷底就要揭出……
灵气复苏，整个世界都被浓郁的灵气所覆盖，地球上的生物被此影响。人类开始觉醒，拥有更强的力量。人类以外的生物同样在灵气影响下飞速进化。一些强大而神秘的种族悄然崛起，传说位于力量顶点的便是——异皇族。机缘巧合，异皇族皇子的灵魂穿越附身在普通人类青年黄尚的身体……
五千年前，对于修行有着无数憧憬的少年，却因体质特殊而无法突破炼体期，进入下一个修炼境界。他从远古神话时代一直修炼到了现代社会，站在繁华都市中，炼体期九万九千四百四十二层的轩辕铭。给自己定了一个小目标：先修炼到炼体期十万层！
爹不疼娘不爱，同学老师也不待见的怂包戏精少女袁娜娜，居然被新搬来的冷酷凶恶大叔给盯上了！好怕哦，但是还要保持微笑~可谁知道这大叔居然还有神反差的一面……看这两个性格迥异的家伙会擦出怎样爆笑治愈的火花！
本动画片故事内容以单元剧为主，在每一集中，拟人化飞机主角乐迪都会飞往世界各地不同的区域，为小朋友们递送他们所需要的包裹，因此观众们将跟随乐迪穿梭于世界各地，看超级飞侠团队运用各自团队的过人能力，帮助小朋友们解决困难。同时，本片中还会呈现世界各地的文化特色，如当地的常用语、当地有名的美食、名人趣事以及有趣的风俗习惯等。通过这部动画片，孩子们能够从中感受到快乐，拓展对世界各地文化的认识，并且学习到超级飞侠和小朋友们团结友爱、热情善良、互帮互助、一起成长的美好品质。
在本季《超级飞侠》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。 而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
