為了與犯罪組織古萊姆（クライム）對抗,國際科學特搜隊的鯨井大助決定組織一隊改造人部隊，最後他找到接受手術的四人，分別是：櫻井五郎、東竜、嘉琳·水木（カレン水木）及大地文太。四人背負著改造人失去肉體的痛苦，與古萊姆周旋。 後來因古萊姆引入了侵略機械人，把目標由犯罪轉變成征服地球。因此皇牌突擊隊亦加入了行動隊長Big 1（ビッグワン），令戰況更加白熱化。
剧情承接上一季，安兹以耶·兰提尔为根据地建立了“安兹·乌尔·恭魔导国”，但却使安兹陷入了烦恼的境地。他作为一个国家的国王，该如何引导这个国家呢？ 在雅儿贝德、迪米乌哥斯等优秀的NPC们不眠不休地工作下，魔导国现在成了一个安全且没有饥饿的地方。但是，在那里生活的人们至今仍抱有恐惧和不安，街道像火熄灭了一样安静，失去了曾经的活力。在找不到答案的情况下，安兹一个人访问了冒险者工会，并向工会主席艾因扎克提出一个建议……
中高一貫のスポーツ強豪校・栄明高校に入学する、男子バドミントン部の一年生・猪股大喜。 大喜は毎朝、朝練で顔を合わせる一つ上の先輩、鹿野千夏に恋をする。 千夏は女子バスケットボール部のエースで、校内外問わず人気の高嶺の花。 部活に恋に勉強に、大喜にとって忙しい高校生活がはじまる、そんなある日――
湯川好蔵は大の温泉マニア。源泉のありかを鼻でかぎつける、温泉ハンターでもあった。 ある時、町おこしのために秘湯を探していた好蔵は、崖から滑落してしまう。 命を落とした彼を異世界に転生させたのは、岩の窪みにひっそりと残っていた、小さな神社のお稲荷さまだった。 そうして好蔵は、お稲荷さまのお使い姫・繭玉さんと共に異世界にやって来る。 さっそく温泉ハンターの血が騒ぎ出し、見つけた温泉で繭玉さんと入浴。 そこに、エルフの少女が現れ……。
