第二季的故事是发生在第一季的故事结束后三年，爱良等人从Pretty Top演艺学校结业并学有所成，之后有了全新生力军的加入，包含了玲奈、果铃、彩海三人组成的团队“三棱镜伴侣（Prism Mates、プリズムメイツ）”，与后来加入的美爱，演变成四人明星团体“Prizmmy☆”并走上成名之路；后来有来自韩国的五位女性留学生加入了Pretty Top演艺学院，并与Prizmmy☆四人连袂演出。
完美的我为什么…会对什么老土男兴奋啊…！？放荡自恋男×脱下衣服很煽情的邋遢男，倔强的 BL 开幕！──梶虽然表面工夫既好又是人气王，私底下却会帮他人打分数、看不起别人。他不断追求理想，寻找有没有配得上自己的最佳完美 0 号。一日，他不得不和不起眼的同事・深见一起外宿出差。唯有这家伙，就算我们单独 2 人到了无人岛上，我也不可能会和他做──他原本是这么想的，但是刚洗完澡深见却可爱又…性感到，让他怀疑自己看错！？顺势被拥抱的身体别说是 0 分了，根本是 100 分满分…！
故事发生在和平宁静的空美町，平凡的少年樱井智树（保志总一朗 配音）过着独居的生活。每晚，智树都会梦见有天使从天而降，虽然被梦境所困扰，但智树的每一天依然能称得上是风平浪静。某一日，名叫伊卡洛斯（早见沙织 配音）的不明生物降落到了智树的身边，有着一张可爱面孔的她，后背上却长着硕大的羽翼。难道梦境中的一切变为现实了？ 善良的智树收留了伊卡洛斯，他的温柔和陈恳打动了这位本该无情的天使。之后，妮姆芙（野水伊织 配音）和阿斯特蕾亚（福原香织 配音）两位天使也被智树感化留在了他的身边。这些天使们从何而来？为何而来？在她们的背后，似乎隐藏了许多不为人知的秘密。
十年，最后的最后
无法拒绝别人请求的老好人少年铃木入间，意外地成为了魔界大恶魔沙利文的孙子！ 受到溺爱的入间，开始到沙利文担任理事长的恶魔学校去上学……虽然感到困惑，但入间还是和阿斯莫德、克拉拉等同班同学一起过着愉快的学园生活。本以为已经习惯了魔界，但就在这样的某一天，更进一步的磨难降临到他的身上！戒指开口说话，入间…变成不良少年了！？入间波澜万丈的恶魔学校生活仍将继续！
望月冬夜虽然死了一次，但他凭借神之力转生到异世界，与未婚妻由美娜、琳赛、艾尔赛还有八重一起充分利用智能手机，享受异世界生活。一起讨伐魔兽，妖精族的首领翎也参与其中一起寻找巴比伦博士留下的空中遗迹，开设读书咖啡馆，建立国家。最终在了解世界秘密的同时，渐渐增加的可爱未婚妻们与冬夜的冒险也走向了世界。
某日，一群使用风遁之术的空忍空袭火之国，无数民众和忍者遇害，形势危急。据纲手大人所言，这群不速之客正是在第二次忍者大战中落败的空之团，如今他们怀着复仇之心再次出现。卡卡西（井上和彦 配音）等人则负责侦查空之团的老巢，鸣人（竹内顺子 配音）、小樱（中村千绘 配音）、雏田（水樹奈々 配音）受命组成三人医疗小队，协助名医神农（石塚運昇 配音）前往其徒弟雨琉的家乡医治伤者。另一方面，病入膏肓的大蛇丸得知神农的再生之术业已完成，他命佐助（杉山纪彰 配音）前去寻找神农。这也促成佐助和昔日伙伴宿命的重逢…… 本片为《火影忍者》第五部剧场版动画。
