被后世称作“魔法少女事变”的，炼金术士卡萝的世界解剖计划被阻止的数周之后。立花响以最大最强的敌人为对手展开格斗，被其压倒在地任凭摆布。面对的威胁——其名为“暑假作业”。作为学生的本分，避无可避的命运残酷到束手无策，无情到无可抗拒。为什么会变成这样呢？心灵仿佛要被碾碎一般，回首过去的响。去了海边。也去了山上。因为与新的朋友们做了约定，以此为理由，充分享受了各处的夏日祭，晚上也像个傻瓜一样大张着嘴仰望烟花。在盂兰盆节离开学生宿舍，回到千叶的老家。久违的家人团聚。
跟着墨菲家的脚步，回到那个孩子们恣意游荡，纵情畅饮啤酒，男人和电视形影不离的 1970 年代。
1989年，日本。 乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
为了潜入名校，西国能力最强的间谍
因偶然事件为契机与世界第一的英雄欧尔麦特相遇的“无个性”少年绿谷出久，身体内继承了欧尔麦特的个性，具有了成为英雄的资质。在经过严厉的训练后，绿谷出久成功进入了雄英高中入学，在与爆豪胜己、丽日御茶子等英雄科1年A班的同学们一起在互相切磋和学习中度过每一天。在这种情况下，全国瞩目的活动“雄英高中体育祭”来临了。目指第一的爆豪胜己，因为家族原因具有强烈意志的饭田天哉，为了否定父亲而渴求胜利的轰焦冻，以及英雄科1年B班的成员...。雄英高中所有同学都气志高涨，绿谷出久也重新下定了决心。“我也会全力去比赛的！“ 以最顶级的英雄为目标的学生们，“个性”、力量和自尊的战斗拉开了序幕！！
曾经，因为不满宙斯的残暴统治，由麒麟由达（石田彰 配音）和凤凰路卡（绿川光 配音）带领的天使们开始了反抗天界的叛乱。作为敌对方，天界派出了青龙豪（森川智之 配音），玄武真（樱井孝宏 配音），朱雀礼（宫田幸季 配音）和白虎凯（吉野裕行 配音）四圣兽来镇压叛乱，最终，由达和路卡被封印，而四圣兽也因为各自的原因而封印了能力流落到人间。 故事从四圣兽打破封印的时刻开始，一股来自地狱的邪恶力量正在危害人间的和平和安全，为了保护世人，四圣兽决定重新开始漫长的战争。而站在这股邪恶力量背后的，正是他们曾经的伙伴和敌人——由达和路卡。
