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　　现在，全世界所有人都在使用的智能手机App。
　　那里潜藏着无人知晓的存在·Applimonster，通称“Appmon”。
　　Appmon是具备能够自主思考行动的人工智能的App生命体，
　　在人类世界与数码空间的间隙中，为系统及人类发挥着机能。
　　但，潜藏在网络之海中的“凶恶的最终BOSS人工智能·利维坦”
　　化作病毒控制了Appmon们，并开始黑入各个系统，
　　企图从网络一侧控制人类的世界。
　　主人公少年·新海春，
　　获得了被伟大的意志引导的“App驱动”，
　　并使来自“App芯片”的搜索App·GATCHIMON实体化了。
　　隐藏在“App驱动”中的谜团，
　　处在Appmon所潜藏的网络世界与现实世界之间的不可思议的“场”，
　　以及2只Appmon进化的“App合体”到底是什么？“利维坦”真正的目标究竟是……！？
　　爱好读书的少年春，与搜索App的怪兽·GATCHIMON这一对凸凹组合，
　　奔驰于现代世界的新感觉搭档物语，
　　现在启动！

　　春季的高中排球宫城县预选中，                                    
                               　　在一番激斗后取胜，终于实现在全国大赛中出场这一夙愿的乌野高中排球部。                                    
                               　　就在他们为全国大赛做准备的时候，                                    
                               　　传来了影山受到全日本青年强化合宿召集的消息。                                    
                               　　而月岛也受到宫城县一年级选拔强化合宿的召集。                                    
                               　　同为一年级，对于差距感到不安的日向，擅自前去参加宫城县一年级选拔强化合宿，但……！？                                    
                               　　以全国大赛正赛为目标，日向、影山以及乌野高中排球部开始了更加艰巨的挑战——！！                         

很偶然的情况下，蜜蜜露碰到了传闻中的司，但却发现司是个很难相处的人，而且在他身边的怪物更伤害了不少玩家。在数次接触后，蜜蜜露了解到司的遭遇和状况后，并愿意成为他的朋友……昂，也开始注意到司……                                                                      　　司被红衣骑士团定为危险人物，尽管昂竭力阻止，但司最终被制服并压入地牢……与昂的倾诉后，司对昂产生了信任和依赖的感觉……而此时，怀着不良意图的楚良正前往救司……                                                                      　　帮助司的希望被寄托在一些破碎的线索上。经过整理，BT解开曙光之眼的迷题，通向被遗忘的场所的门出现……在颠倒的空间里，司、贝尔和蜜蜜露遇见了语无伦次的哈罗露得修维克，但却得不到任何解释而失望……此时空间开始崩塌，在逃跑时，司被杀了……                                                                      　　尽管司并没有消失，但受到沉重打击的他再次选择了逃避。在迷惑、怯懦下停滞不前的司，得到朋友的鼓励和支持，终于重新振作。昂更为了司的事，与银汉不和，最后导致了骑士团的解散……而失去保护的昂，遭到了攻击……“为什么你会在这里？”“因为我觉得在这里的话，就能见到你。”司搂着昂遍体鳞伤的身体……昂哭了……                                                                      　　司带昂去见哈罗露得修维克口中的“她”（亚尔拉），但却发现她消失了……在昂离开后，由于背叛了“她”，司的精神被摧毁了……而另一面，贝尔找到了艾尔巴帮忙，当再次与哈罗露得修维克相遇后，昂意外地得知司是令亚尔拉苏醒的关键……                                                                      　　到了约定的时间，艾尔巴开启了通往最后战场的传送门……而神智恢复后的司，又一次失去了信心。但当听克里姆说了昂的事后，司在苦苦等待的昂的面前出现了……跟着，他们步入了传送门……

　　故事以只有女性能使用的世界最強兵器「Infinite Stratos（IS）」為中心，在女尊男卑的世界中，主角「織斑一夏」雖然身為男生卻能夠操縱 IS，為此他被強制進入培育 IS 操縱者的學校「IS 學園」，周圍理所當然也都是女性，而女生們也對這位「世上唯一能夠使用 IS 的男性」感到興趣，就此展開了許多趣味橫生的學校生活。