过去，在被称作冬木的城市曾举行过由七位魔术师与英灵参加的“圣杯战争”。 然而趁着第二次世界大战的混乱，“某位魔术师”强行夺走了圣杯—— 数十年过去，千界树一族高举那个圣杯为象征，叛离了魔术协会，宣布独立。 愤怒的魔术协会派遣了刺客，但他们却遭到了召唤出的Servant的反击。 ——对抗Servant的是Servant。 ——“圣杯战争”的系统被变更，前所未有的七对七规模的战争爆发了。 因此，以罗马尼亚的图利法斯为舞台，空前绝后的规模的战争——“圣杯大战”拉开了帷幕。
以《最终负荷实验》为名，将Underworld全土卷入的《人界》军与暗之军势的战争。 战局逐渐转变为企图夺取《光之巫女》爱丽丝的《黑暗领域》军加百列一派， 与致力于守护Underworld的《人界》军亚丝娜等人之间的战争。 在桐人仍然沉睡于精神世界的深处之时，《暗黑神贝库达》即加百列 从现实世界中让数万美国玩家登录，企图一举歼灭《人界》军。 相对地，亚丝娜等人利用以Underworld创世神冠名的3个超级账号展开对抗。 获得了《创世神史提西亚》超级账号的亚丝娜， 和《人界》军一同与美国玩家展开死战， 而获得了《太阳神索鲁斯》超级账号的诗乃，则追赶着带走了爱丽丝的加百列。 随后，获得了《地神提拉利亚》超级账号的莉法，也抵达了Underworld。 不仅如此。呼应了莉兹贝特充满气势的演说的《ALO》玩家们， 将千锤百炼的角色进行转移，加入《人界》军一方参战！ 这场大战不只关系到Underworld的存续。 还是赌上了作为究极AI的自律学习型人工智能，甚至人类未来的战斗。 而大战的终点，如今正握在沉睡中的一名少年——《黑色剑士》的手中。 《Alicization》篇，在此完结！
故事舞台在一所名为龙鸣馆的高校，转校来到学生、老师、甚至连学园长都是个性派的私立龙鸣馆的近卫素奈绪。虽然对不习惯的学园生活有些不知所措，但为了喜欢的话剧，为建立话剧部而来到学生会室，这里却是学生会长雾夜艾利卡一手掌握大权的女王政治的中心。更糟的是，和过去有某种缘分的青梅竹马对马雷奥发生了最糟的重逢…… 武义高强的学生会风纪委员铁乙女；品学兼优，但又毒口、H的学生会长雾夜艾利卡；沉默寡言、性格孤僻，对X知识无知到发指的下级生椰子和美。还有青梅竹马的平胸受萝莉和治愈系亲友团路人女。
