工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
由于残忍的分尸杀人事件频发，世界各地人民陷入一片惶恐不安之中，然而元凶却是人类未曾意料到的“寄生兽”。这些寄生生物的幼虫侵入人类或动物身体后，以寄生脑部为目标，寄生完成后与脑部细胞同化，管理这个“死掉的身体”。它们能任意变形，能够迅速吸收掌握人类知识，而它们的食物便是寄生体相同的物种。 普通高中生泉新一（岛崎信长 配音）某天被一只奇怪的虫子侵入身体并吞噬了右手，自此他不得不与寄生生物“右”共存。本性正直善良的泉新一不敢将这一变故告诉家人和朋友，然而他喜欢的人村野里美（花泽香菜 配音）似乎留意到他身体的变化。为了被寄生生物杀死的亲友以及所有人类的未来，泉新一决心与其他完全体寄生兽进行殊死搏斗。
物語の舞台は魔族特区“恩莱島” 記憶なき第四真祖の新たなる戦い!! 月明かりに照らされ、 波打ち際で目を覚ました暁古城。 眼前には修道士のような衣服を 身にまとった白髪の少女の姿が。 「ようやく見つけましたわ、暁古城。 わたくしの名前は香菅谷雫梨・カスティエラ ――あなたの監視役ですわ」 東京の南方、三百三十キロ地点に浮かぶ 日本で“唯一”の魔族特区“恩莱島”。 自らの名前以外の記憶を失い、 第四真祖の眷獣を喚び出すこともできない古城。 絶海の孤島で新たな仲間達と挑む、 過酷なミッションとは果たして!?
講談社限定版企画として、第1話（Trick1）は2010年11月17日発売のコミックス第30巻限定版同梱(OAD=オリジナル・アニメーション・ディスク)DVD収録のOVA。原作16巻掲載のイッキとリンゴの対決を映像化。2011年3月17日発売のコミックス第31巻収録の第2話（Trick2）、および2011年6月17日発売のコミックス第32巻収録の第3話（Trick3）では、原作24、25巻の小烏丸vs眠りの森の伝説のバトルを映像化。
