终末的火车前往何方？

　　本作主人公冈部伦太郎（宫野真守 配音）是个患有严重中二病的大学生，自称为“凤凰院凶真”的他和伙伴们组成了“未来发明研究所”，在位于秋叶原的一个简陋实验室内进行各种古怪发明和调查。                                    
                               　　2010年7月28日这天，冈部和青梅竹马真由理（花泽香菜 配音）一同去了科学讲义会场，在那里，他们遇见了天才少女牧濑红莉栖（今井麻美 配音）。让人意想不到的事情发生了，冈部在会馆楼道内听到一声惨叫，他闻声而至，发现了倒在血泊中的牧濑。冈部用手机短信将这件事告诉好友桥田至，这个举动，让世界都颠覆了。实验室里那个所谓的“未来道具”，竟然真的可以左右世界的进程，冈部自此成了孤独的观测者。                                    
                               　　这一切都是命运石之门的选择。

在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……。

小羊咩咩在暴风雨之夜躲进了一间小屋中避雨，哪知道在屋子里遇到了一个和自己一样的避雨者，屋里一片漆黑，咩咩和这个伙伴虽然彼此看不见对方的样子，但还是开开心心的聊了一整晚，天亮之后，咩咩震惊的发现，和自己共处一室一整夜的，竟然是一只名叫加布的狼。                                                                      　　虽然它们一个是肉食动物，一个是草食动物，但咩咩和加布之间还是建立起了友谊，虽然狼族和羊族向来水火不容视对方为死敌，但是加布和咩咩还是抓住一切可能的机会私会。终于，两人的感情败露了，狼族和羊族都对他们展开了追杀，加布和咩咩不得不踏上逃亡的旅途。一路上，加布除了要对付不断骚扰他们的袭击者外，还要和自己嗜血的本性对抗。

　　不愿继承家业粗点心店的鹿田九，与热爱粗点心的不可思议美少女·萤。萤为了让九继承粗点心店，而开始屡次造访店中。与萤一同度过的九顺利地前进在成为粗点心店长的道路上……是不是这样还不清楚，不过与友人远藤豆、远藤彩一同度过的愉快的暑假仍将继续！？献上实际存在的粗点心作为礼物，美味而令人怀念的粗点心喜剧！请再一次地尽情享用到饱！！

　　这日柯南、小兰一行人来到米花市市政大厅，一场有关最新游戏“茧”的发布会正在这里召开。由于迥异于以往任何一款游戏的“茧”可能一举改变全球游戏业界的价值观，发布会吸引了代表日本上流社会的政治、财经、演艺界人士，50名游戏体验者也多是他们的后代，新一的父亲、推理小说大师工藤优作由于参与故事编写，也来到现场。这边热热闹闹，游戏的研发者兼负责人坚村却被杀于地下室。坚村死前留在键盘J、T、R上的血迹令柯南想到答案可能在游戏中，他利用优作的关系加入了体验者队伍，小兰、灰原哀等人也拿到了体验入场券。
　　50名体验者刚分别进入一个外型酷似蚕茧的“大型胶囊”，游戏即被自称“诺亚方舟”的人工智能控制，“诺亚方舟”称游戏将提供5个完全真实的历史场景，体验者可选择其中之一进入，被淘汰会进入休眠状态，若最后无人走到终点，他们的大脑组织皆会被摧毁，此举是为令日本社会重生。柯南一行及几个骄横无礼的上流社会公子哥进入的是19世纪伦敦的贝克街，那里杀人犯开膛手杰克正在兴风作浪，他身上正有柯南要找的答案！而优作也在现实中正对案件展开调查。