欢迎来到实力至上主义的教室第三季

数千年后的未来，进入宇宙空间的人类，                                                                      　　被分为银河帝国与自由行星同盟这两个                                                                      　　拥有“专制政治”与“民主主义”两种不同政治体制的国家。                                                                      　　两国之间的抗争持续了150年，                                                                      　　以无边无际的广袤银河为舞台，                                                                      　　重复着无止境的战斗。                                                                      　　银河帝国的门阀贵族社会的腐败，                                                                      　　以及自由行星同盟可称为民主主义的弊端的群愚政治                                                                      　　侵蚀着两个国家。                                                                      　　之后，宇宙历8世纪末，两位天才的登场驱动了历史。                                                                      　　“常胜的天才”莱因哈特·冯·罗严克拉姆，                                                                      　　以及人称“不败的魔术师”的杨威利。                                                                      　　两人率领着帝国军与同盟军，展开了不知道是第几次的冲突。

为了应对吉亚迪所开发出的完全独立无人战斗兵器“军团”的入侵，其邻国圣格诺利亚共和国开发了无人战斗兵器毁灭之力。但是，无人战斗机只是空有名号，实际是没有被认可为”人“的人们——86——驾驶，被当作道具来使用。                                                                      　　由”86“所组成的部队“先锋战队”的队长少年・辛艾，在只能等待着死亡的令人绝望的战场上为了某个目的而战斗着。在那里，共和国军队的精英・蕾娜就任了新任指挥管制官。她小时候有着被86所救助过的经历，因此想把被作为“人形猪”而遭到轻视的他们作为正常人类来对待。                                                                      　　只不过是为了战斗而被作为道具使用的少年以及被寄予了未来期望的精英才女，本不应当有所交集的两人，在激烈的战斗中看到了未来——

时为公元2202年。                                                                      　　自从宇宙战舰大和号从那场单程长达16万8000光年、通往伊斯坎达尔的壮大航海中回归以来，已经过了3年——。                                                                      　　在“宇宙恢复系统”之下取回先前蓝色样貌的地球，                                                                      　　与卡米拉斯帝国缔结了和平条约。                                                                      　　在复兴的同时，为了防卫而进行的包含最新锐战舰安德洛墨达在内的新锐舰队的整备工作也在推进中。                                                                      　　伊斯坎达尔的丝塔夏的愿望也化为乌有，地球开始迈向扩军之道。                                                                      　　这真的是在无可替代的多数牺牲之后，大和所达成的真正的和平吗？                                                                      　　期盼宇宙平稳的女神特蕾莎的祈愿，将大和邀往新的航海。                                                                      　　如今，席卷宇宙的加特兰蒂斯的威胁，正在逼近地球——。

　　自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除，世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大，为此政府组成了新组织4C，秘密驱除Amazon化的人类。
　　其中，幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是，变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优，他第一次没有产生“想吃”的想，并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后，作为Sigma型而复活的Amazon。

　　故事发生在私立希望之峰学园中，苛刻的入学条件和优厚的毕业待遇让这所历史悠久的学园笼罩着一股贵族和精英的气氛，只有超高校级的学生才有资格进入其中学习。今年，苗木诚（绪方惠美 配音）以“超高校级幸运”为由收到了来自学园的录取通知，奇怪的是，他平凡的生活中并没有遇到过什么幸运的事情，如果硬要说有的话，那就是此次的录取了。
　　这一届，包括苗木诚在内共有15名新生，均为各个领域内的尖端人士，而在开学典礼上，黑白熊（大山羡代 配音）的出现却让他们落入了永恒的炼狱。闭锁的出口，昏暗的空间，残酷的脱出规则，激烈的学级审判，只有双手沾满鲜血的人才能够成为最后的胜者重获自由。这一回，被称为超高校级幸运的苗木诚能够继续他的幸运吗？

　　表面看来，安艺伦也（松冈祯丞 配音）只是一个平凡的少年，实际上，他还有另一重身份——同人游戏社团“Blessing software”的制作人。一次偶然中，伦也邂逅了名为加藤惠（安野希世乃 配音）的可爱女孩，发现了加藤惠独特魅力的伦也，决定让她成为自己制作的GAL游戏的女主角。
　　伦也的青梅竹马，拥有校园精英和邋遢家里蹲双重面目的英梨梨（大西沙织 配音）、寡言少语，曾出版过超畅销恋爱轻小说的学姐霞之丘诗羽（茅野爱衣 配音）、乐队“icy tail”的主唱，对二次元文化抱有偏见的冰堂美智留（矢作纱友里 配音），这些性格迥异的女孩们接连加入了伦也的游戏制作计划中。