故事以前作《科学小飞侠Crowds》的后续剧情展开。距离“立川事件”已经过了一年，当初贝尔库·卡切赋予尔乃美家累的力量“CROWDS”在日本首相菅山的推广之下已在人类社会当中广泛普及。然而仍然存在着对此感到不满的人们，此时菅山遭到不明人士的袭击，GATCHAMAN的全新战斗就此揭开序幕。
萌田薰子是一名十五岁的女子高中生，同是也是一名四格漫画家。从很小的时候起，薰子就渴望着漫画家这一给读者带来快乐的职业，并且一直想着实现理想而方向努力前进着。怀揣着理想，薰子搬进了专门为漫画家提供住所的女子宿舍，在这里，薰子解释了一群志同道合的好友们。 个性开朗思想单纯的少女漫画家恋冢小梦、虽然表面看来十分正经害羞，但实际上却创作出了令人血脉喷张的工口漫画的色情漫画家色川琉姬、常常因为过于带入到自己所创作的角色中而惹出很多笑料的少年漫画家胜木翼，和这些同道中人们在一起，薰子每一天都向着理想又迈进了一步。
这部韩国动画片讲述了许多韩国民间故事，格比和恩比两个小精灵他们神通广大，帮助那些有困难的人们。每集都是个独立的故事。野猪和长工的故事是给富人打工的小伙，在森林里打柴的时候救下了被猎人追赶的野猪，野猪为了报他的恩，使了一计，使他能和富人的女儿结婚，在新婚之夜蜈蚣精抢走新娘，他在野猪的帮助下夺回了他的新娘，从此他和新娘子过上了幸福的生活。在天定姻缘故事中，美丽善良的莲妮姑娘每天都去喂河塘里的鱼，这天他遇上了让她动情的英俊书生，她和书生私定终身，约定要书生用功读书，成为一个出色的人再来求婚。书生回家后发奋学习，可姑娘家中来提亲的不断，姑娘非常烦恼，鲤鱼知道了恩人的心思后，恩比和格比来到书生家给他送去了信，书生终把姑娘娶回了家。 这些故事主要是讲善有善报恶有恶报，让人们多做好事多做善事。
表面看来，安艺伦也（松冈祯丞 配音）只是一个平凡的少年，实际上，他还有另一重身份——同人游戏社团“Blessing software”的制作人。一次偶然中，伦也邂逅了名为加藤惠（安野希世乃 配音）的可爱女孩，发现了加藤惠独特魅力的伦也，决定让她成为自己制作的GAL游戏的女主角。 伦也的青梅竹马，拥有校园精英和邋遢家里蹲双重面目的英梨梨（大西沙织 配音）、寡言少语，曾出版过超畅销恋爱轻小说的学姐霞之丘诗羽（茅野爱衣 配音）、乐队“icy tail”的主唱，对二次元文化抱有偏见的冰堂美智留（矢作纱友里 配音），这些性格迥异的女孩们接连加入了伦也的游戏制作计划中。
忍びの里から抜け出したくノ一さとこは、 街で行き倒れていたところを通りすがりの女子高生このはに救われる。 だがそれも束の間、さとこは里からの追手に見つかってしまう。 しかしそんな追手をあっさりと返り討ちにするこのは。 …なんと彼女の正体は殺し屋だったのだ！ 世間知らずのくノ一と殺し屋女子高生の危ない共同生活がスタート！
1976年に「週刊少年ジャンプ」に登場して以来25年、連載回数は優に1000回を越え、単行本は122巻、売り上げ１億円以上という、前人未踏の長寿番組、コミック界の金字塔、それが「こちら葛飾区亀有公園前派出所」です。 主人公・両津勘吉の破天荒な行動力が巻き起こす大騒動の面白さが、長寿の秘密と考えられがちですが、この作品の本当の人気の秘密は、古典落語に通じる人情喜劇のエッセンスが根底に流れていることです。 この作品には、主人公の両津をはじめとして、きわめてユニークな人物達が次々に登場します。彼らが引き起こす、人の迷惑を顧みない大騒動！ でもどの人物も何故か憎めない愛すべき人たちなのです。 作者の下町の人々に注ぐ視線の優しさ、下町への愛情、が登場人物たちの素朴で温かい感情となって、作品の中で発露しているのです。 一見、破天荒な「ドタバタ･ギャグ･アクション」の底に流れる、下町の人情・温かさ・優しさが「こち亀」の最大の魅力なのです。 1996年6月、日本全国の「こち亀」ファンの熱い視線を浴びつつ、待望のテレビアニメがスタートしてから早くも5年。1999年夏には、東京・大阪で舞台公演を成功させ、2000年東宝お正月映画として、映画「こちら葛飾区亀有公園前派出所 THE MOVIE」を全国公開。 コミックを知らない、低年齢層の子供たちから、20年以上読みつづけてきた大人達までも巻き込んで、いまや「こち亀」は、日曜の夜、家族揃って楽しめる好視聴率アニメとして定着しています。
