随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代—— 村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人，但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！ 慕留人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突然发生的神秘事件？ 在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语，现在开始！！
公元2011年，美国佛罗里达州。空条徐伦在与恋人开车兜风时遭遇交通事故，之后因被人陷害而获刑长达15年之久。 她被关押在州立绿海豚街重警备监狱——别名“水族馆”。被逼到绝望边缘的徐伦，却通过父亲托付给她的吊坠而觉醒了体内不可思议的力量。 “这个世界上存在着比死亡更可怕的事情 而且这件事情将必定在这家监狱发生。” 这是出现在徐伦面前的神秘少年所留下的讯息。难以理解的事件接连发生。前来探监的父亲空条承太郎口中讲述的恐怖事实，以及一个叫做“DIO”的名字……
鬼太郎本身就是幽灵的后裔，他的父母在他出生时就死了，但鬼太郎爸爸的眼珠却活下来，他带着鬼太郎，然后展开一连串的冒险，并且维持妖怪界的和平。鬼太郎的木屐可以踏上彩虹他的头发有妖气针能够感应到妖怪，另外他的背心也有保护作用。
以节能为座右铭的高中生折木奉太郎， 为一个小小的原因而加入了濒临废社的“古典文学部”。古典文学部的社员，包括他在社里认识的好奇宝宝，也就是女主角千反田爱瑠，还有他从国中就认识的伊原摩耶花和福部里志。这是他们四人以神山高中为舞台，对一桩桩事件展开推理的青春学园推理剧。“我很好奇！”奉太郎平静的灰色高中生活，因为千反田的这一句话而为之一变！
街を賑わすサーカス団。 しかし、彼らの移動とリンクするように街では子どもたちが消えていた。 調査のためサーカス団に団員として潜入した、セバスチャンとシエル。 そこで思いがけない人物…に遭遇する。 サーカス団の隠された目的とは！？
