1989年，日本。 乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
怪盗基德的预告信出现在了北海道函馆，斧江财阀的收藏库中。这次基德将要盗走的是，江戸幕府时期新选组副长土方岁三的日本刀。向来追逐奢华宝石的怪盗基德，居然会看上刀？ 此时，被称作西部名侦探的服部平次和柯南一行人，也因为剑道大会来到了函馆，在基德执行预告的当日，平次看穿了基德的伪装并对其穷追不舍！ 同一时间，一具尸体在函馆仓库街被发现，尸体的胸口有一个十字伤口。搜查中，出现了一位被叫做“死之商人”的活跃于亚洲一带的美籍日裔军火商。这个人一直在寻找斧江家初代家主藏在函馆的宝藏。斧江家江戸幕府战争时代深耕军需产业，传说那宝藏是能扭转幕末纷争的强力武器，而这宝藏似乎和基德追逐欲盗取的刀有着千丝万缕的联系。在基德瞄准刀的同时，有一位剑士也在向基德逼近……
高中生兼小说作家的“和泉正宗”（笔名：和泉征宗）有个家里蹲的妹妹“和泉纱雾”。一年前才成为家人的她，却完全不走出居室，并也用力踩踏地板，要我帮她准备食物。为了这段称不上“兄妹”的关系，正宗得想个办法让她自己走出居室才行，因为两人已是目前仅存能相依为命的“家人”……至于正宗的搭挡插画家“情色漫画老师”，是个能够画出非常棒煽情图的可靠伙伴。虽然双方并没见过面，但我一直很感谢他！只是在某一天，正宗突然发现到一个冲击事实，那就是“情色漫画老师”其实就是纱雾！？
这是一部科幻类动画片，描写的是2050年时，在强化纸箱中以被称为LBX的小型战斗机器人进行对战的比赛已化为一股热潮的故事。
女神祭――迷宮都市オラリオが活況に包まれる、実りの祝祭。 豊穣を象徴する女神たちは祭壇に奉られ、その中にはあの『美の女神』の姿も。 ダンジョン深層という死地から生還を果たし、日常を取り戻したベル・クラネルもまた、女神祭の賑わいを楽しむはずだった…… ――とある酒場の娘から一通の手紙が届くまでは。 『ベルさんへ 今度の女神祭、二人だけでデートしてください。 シルより』 都市の片隅、小さな酒場で固まった、少女のたったひとつの決意が、少年と迷宮都市を狂わせていく。 そして、『最強』を標榜する『強靭な勇士（ルビ：エインヘリヤル）』達が今、動き出す。 これは、少年が歩み、少女が望む――【眷族の物語（ファミリア・ミィス）】――
