又酷又有点冒失的男孩子们

现在，全世界所有人都在使用的智能手机App。                                                                      　　那里潜藏着无人知晓的存在·Applimonster，通称“Appmon”。                                                                      　　Appmon是具备能够自主思考行动的人工智能的App生命体，                                                                      　　在人类世界与数码空间的间隙中，为系统及人类发挥着机能。                                                                      　　但，潜藏在网络之海中的“凶恶的最终BOSS人工智能·利维坦”                                                                      　　化作病毒控制了Appmon们，并开始黑入各个系统，                                                                      　　企图从网络一侧控制人类的世界。                                                                      　　主人公少年·新海春，                                                                      　　获得了被伟大的意志引导的“App驱动”，                                                                      　　并使来自“App芯片”的搜索App·GATCHIMON实体化了。                                                                      　　隐藏在“App驱动”中的谜团，                                                                      　　处在Appmon所潜藏的网络世界与现实世界之间的不可思议的“场”，                                                                      　　以及2只Appmon进化的“App合体”到底是什么？“利维坦”真正的目标究竟是……！？                                                                      　　爱好读书的少年春，与搜索App的怪兽·GATCHIMON这一对凸凹组合，                                                                      　　奔驰于现代世界的新感觉搭档物语，                                                                      　　现在启动！

　　故事发生在遥远的未来，肆虐的异生兽给人类的安全带来了巨大的困扰，为了抵挡异兽的进攻，日本政府成立了防卫组织TLT，其中，夜袭队拥有着最强大的实力和最强劲的武器，是整个组织内部的中坚力量。                                    
                               　　然而，面对经过了进化的新型异生兽，夜袭队亦束手无策，在这个节骨眼上，光之巨人奈克瑟斯奥特曼和它的适能者姫矢准（桐岛优介 饰）出现了。在奈克瑟斯奥特曼创造出的美塔领域中，奥特曼和异兽之间展开了激烈的斗争。孤门一辉（川久保拓司 饰）是TLT里的新进成员，当他目睹了奈克瑟斯奥特曼强大的力量后，开始对奥特曼的起源和姬矢准的神秘过往产生了兴趣。

　　在一场毁灭性的世界大战后，地球只剩机器人们和唯一人类女性存活着，而这少女名字就叫做『遥』，在其身旁有五位机器人们的相伴。而对于醒来之前的记忆都没有的遥，为了寻找其失去的记忆而离家出走，却遇到了同样是人类的少年卡那特……那么，人类真的就只剩下他们两人了吗？还是说，人类已经去了别的星球？

尼尔斯（小山茉美 配音）是个调皮捣蛋的小学生，他不爱学习懒惰认性，喜欢捉弄小动物，爸爸（津嘉山正种 配音）妈妈（池田昌子 配音）对他都失去了信心。因得罪了小妖精（槐柳二 配音），尼尔斯被妖精施魔法变成了个小人。常被他欺负的动物们都很高兴，它们纷纷对尼尔斯进行报复。他家常被迁徙的雁群嘲笑的鹅莫尔典经过反复练习飞上了天空，尼尔斯和跟他一起变小的卡骆驼（山崎唯 配音），骑着它飞上了天空，跟着大雁群去旅行了。他神奇地能听懂了动物的语言，在湖边他救了被狐狸袭击的大雁，在途中又救了森林里的小松鼠，一路上尼尔斯遇到了很多危险也在成长中磨练了自己，并从各种动物身上学习它们的优点，也帮助了很多动物。尼尔斯骑着鹅莫尔典在慢长的旅途中，还会碰到哪些困难和危险呢？他能否实现他的愿望变大回到家中变成一个好孩子吗？

　　东京、大阪、京都相继发生杀人事件，5名死者皆是被头戴面具的黑影人用武士刀和弓箭瞬间杀害。警方介入调查，发现死者都是出没于3地专门偷窃有名的佛像及美术品的偷盗集团“源氏萤”成员。该集团共有成员8名，以义经的家臣名字互相称呼，且都持有一本《义经记》，被害5人手中的《义经记》均被拿走。
　　这日京都古寺山能寺收到奇怪书信，说若能解开信中所附的画谜，便能找到8年前被窃的如来佛像。柯南、小兰随毛利小五郎来到该寺，均对画谜一筹莫展。5名被杀者之一曾对与新一不相上下的大阪高中生服部平次照料有加，服部也来到京都对案件秘密展开调查，并借机找寻自己的初恋情人。柯南与服部相遇联手调查时，发现有人想置服部于死地，紧接“源氏萤”另一成员被害，而这一切，似乎又都与画谜有关。