自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。
故事发生在一个人魔共存的世界之中，格斯（岩永洋昭 配音）是一名身形强壮的雇佣兵，在战场中杀人如麻所向披靡，然而，格斯虽然看似无坚不摧，但痛苦和孤独始终折磨着他的内心，让他无法获得安宁。一次偶然中，格斯遇见了由格里菲斯（樱井孝宏 配音）所领导的鹰之团，格里菲斯热情的邀请格斯加入他们的队伍之中。 骁勇善战，巾帼不让须眉的千人长卡思嘉（行成桃姬 配音）、性情温和足智多谋的捷度、年轻却深受器重的里基特（寿美菜子 配音）、身材魁梧但性情老实的比宾，在鹰之团里，格斯结识了这些志同道合的伙伴们，彼此之间结下了深厚的情谊。哪知道，就在鹰之团逐渐得到了国王的器重的同时，格里菲斯为了获得超人的力量而将所有的团员们都献祭给了恶魔。
故事发生在平安时代中期，疾病和灾荒令原本的政府逐渐没落，如今是武士与阴阳师的天下，而这两方势力为了争夺完全的统治权而展开着无休无止的争斗。为了拯救百姓与水火之中，政府命令源赖光（三木真一郎 配音）出发寻找可以为人们带来幸福的勾玉，可是在出发至极，源赖光却卧病不起，无奈之中，只得由他的妹妹源光（水泽史绘 配音）女扮男装替兄出征。 在忠心耿耿的家臣渡边纲（三宅健太 配音）的护送下，源光踏上了旅程。一路上，她结识了许多身怀绝技的旅伴。吟游乐师万岁乐（三木真一郎 配音）和年岁过百的阴阳师安倍晴明（德丸完 配音）成为了源光寻找勾玉的得力助手，然而，就在勾玉的下落渐有眉目的时候，源光却从源赖光处得到了安培晴明想要毁灭京都的噩耗。一边是兄长，一边是生死与共的同伴，源光究竟应该相信谁？
某天，高中生横谷家突然来访了一位上门营业的女仆—— 之前的职业是杀手，并且没做过家务活…… 满心疑惑而又无法拒绝的老好人男主感受到她的纯粹，于是接纳了她。 让只影独行在黑暗社会孤独生活的女仆，成为家人的故事开始了……
