被后世称作“魔法少女事变”的，炼金术士卡萝的世界解剖计划被阻止的数周之后。立花响以最大最强的敌人为对手展开格斗，被其压倒在地任凭摆布。面对的威胁——其名为“暑假作业”。作为学生的本分，避无可避的命运残酷到束手无策，无情到无可抗拒。为什么会变成这样呢？心灵仿佛要被碾碎一般，回首过去的响。去了海边。也去了山上。因为与新的朋友们做了约定，以此为理由，充分享受了各处的夏日祭，晚上也像个傻瓜一样大张着嘴仰望烟花。在盂兰盆节离开学生宿舍，回到千叶的老家。久违的家人团聚。
1989年，日本。 乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
鬼与人共存的世界——每当两人的心灵靠近，名为鬼的存在就分开他们的距离。 等着两人的命运，以及“鬼”是——。 鬼与人，描绘究极之爱的本作，于此出动！
日本学生柾木天地（菊池正美 配音）在放学的路上，看见了一个发光物体从天空飞快的降落到了他的前方，他走上前去一看，发现了一个从外星球坠毁的太空飞船，里面有宇宙海盗魉呼（折笠爱 配音）和一路追赶捉拿她的银河警察九罗密美星（水谷优子 配音）。两个外太空的女孩子，没办法回去，只好留在了天地的家里。树雷星球收到了银河警察美星发去的求救信号，树雷星的大公主阿重霞（高田由美 配音）乘飞船来到地球查看情况。天地陪阿重霞参观地球，对天地一见钟情的魉呼因吃醋和阿重霞两人大战了一场，阿重霞的飞船被毁坏了，来找姐姐的砂沙美（横山智佐 配音）的飞船也出了状况，她们还要在地球住很长时间。接下来天地和她们还会经历哪些惊险与情感纠纷呢？她们还能回到她们的星球吗？
成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。
