新学期刚开始，高中生·坂井悠二一如往常过着“日常生活”。然而有一天，他冷不防遭遇红世之王手下的侵袭。受到一名能够把人的存在化为灵火，并吸取灵火的神秘男子法利亚格尼的攻击。悠二的“日常”生活因此整个脱节，然而就在同一时间，一名少女出现在他面前。 少女为了保护悠二不被法利亚格尼袭击，开始与悠二一同生活。悠二满怀感激向少女道谢，不料少女却如此低喃：“你已经不存在了。” 我已经死了？存在丧失者·悠二为何还能够思考呢……
跟着墨菲家的脚步，回到那个孩子们恣意游荡，纵情畅饮啤酒，男人和电视形影不离的 1970 年代。
深夜，挥舞巨大钢筋袭击人类的亡灵“钢人七濑”。是单纯的都市传说，还是真正的亡灵？给予妖魔鬼怪们智慧的巫女——岩永琴子，与之正面抗衡。为了消灭由人类想象力创造的恐怖妖怪，为了对抗虚构，琴子设下了由虚构组成的重重机关。
小埋，复活！在房间无限展开的宇宙，再临……！ 在外人人称羡的才色兼备“美妹”，一回到家，就变身成不为人知的一心犯懒“干物妹”……！？极尽无所事事之能事的干物妹小埋，一手可乐一手薯片，沉浸于漫画、游戏、动画、网络……，将一同生活的哥哥太平放置在旁，忠于欲望向前突进！和同班同学海老名、切绘、希尔芬的关系也逐渐加深，小埋的日常变得越来越热闹！！！ 小埋的最强、最棒的日常，再次开始！
因过去的心理阴影而以独自的别扭思考回路讴歌着“独自生活”的比企谷八幡，由于意外的事件而被生活指导担当教师平冢静带去“侍奉部”并加入其中。他和同社团所属的令人窒息的完美美少女·雪之下雪乃，以及班级上位阶级所属的时髦女子·由比滨结衣一同，从解决班上的人际关系问题到文化祭实行委员的运营，度过着解决各种案件的每一天。时至秋日，八幡等二年级学生前去修学旅行。此时，侍奉部接收到的委托究竟是！？随着新登场的一色彩羽的加入，他们的关系更加错综复杂。——八幡空虚的价值观也有了少许变化，在这些经验过后，他的高中生活又将迎来怎样的展开！？
第三期 银河 时空之石事件之后，在圣光之路大赛足球场即将举办全新闪电日本选拔，在获选的选手中，除了天马、剑城以及神童外，全是在其他学校首次踢球的运动选手，他们要如何整顿球队迎接世界的挑战呢？ 此队与剧场版《闪电十一人GO VS纸箱战机》的新生闪电日本队并无关系，是由黑岩监督亲自从日本挑选而组成的球队。 除了雷门的三巨头外，其他八名都是从参加神圣之路的队伍的板凳里选出来，且八人均是踢足球的新手。 目前新生闪电日本队没有板凳成员。 在世界大赛中禁止使用化身（所以更别说极限和体了）。
TVアニメ『ファイ・ブレイン 〜神のパズル』 2013年、第3シリーズ放送決定！ 「パズルタイムは終わらない！」 2013年、『ファイ・ブレイン 〜神のパズル』第3シリーズの放送が決定いたしました！ 「ファイ・ブレイン」らしい、驚きに満ちた物語をお届けすべく、鋭意制作進行中です！ 新たなカイトたちの物語にご期待ください！ 「来年まで待ちきれない！」そんな方は、 来週9月30日（日）午後5:30から放送予定の「もっと×2 神のパズル スペシャル」や、 10月7日からの第1シリーズ再放送などを見ながら、しばしお待ちいただければ幸いです。 お楽しみに!!
