刻苦学习的高中3年生·唯我成幸，为了获得免除大学学费的“特别VIP推荐”资格，而要去担任为备考而苦战的同级生们的教育指导员。教导的对象是“文学之森的睡美人”古桥文乃和“机关精巧的拇指姑娘”绪方理珠这两位学园顶尖的天才美少女！原本以为她们的学习能力完美无缺，没想到对于不擅长的学科却完全无能……！？成幸一边被充满个性的“学不来女孩”们玩弄于股掌之间，一边为了让她们努力通过大学考试！无论学习还是恋爱都“学不来”的天才们的恋爱喜剧，就此开幕！！
浩瀚世界的某个神秘角落，残存着深不见底的巨大洞穴。据说里面藏着各种怪物和宝物，每深入一层，所知所见便愈加稀有。正因为这无穷无尽的魅力，吸引着为数众多的“探窟家”冒着被诅咒的危险前往深渊。级别最低的红笛莉可（富田美忧 配音）生活在一个孤儿院中，而孤儿院则培养他们探索深渊的各种技能，并把带回来的宝物上交。这一天，莉可在深渊意外发现一个高度方针的机器人，随后将其带回孤儿院，并起名雷古（伊濑茉莉也 配音）。有意思的是，雷古对自己机器人的身份倍感困惑，更对身世一无所知。为了探寻雷古的身份，并且寻找贵为白笛的母亲的下落，莉可一行朝着深渊深处进发…… 本片根据日本漫画家土笔章人创作的漫画作品改编。
在老家的餐饮店“幸平餐馆”一边帮忙下厨一边磨炼厨艺的幸平创真，前往超级精英料理学校“远月茶寮料理学园”入学。幸平创真在学园中与各式各样的料理人相遇并不断成长着，同时也开始摸索“只属于自己的料理”。 幸平创真在真实餐厅学习的“在职料理课程”中进一步积累了经验，突破了以往的自己，习得了新的料理，成功完成了课程并且迎来了新的成长。 实地研修结束后，幸平创真在不断练习厨艺中度过每一天，并终于在“赏红叶会”向学园的顶点远月十杰发起了挑战。 创真和远月十杰盯上了远月例行的学园祭“月飨祭”，每年有50万客人造访的怪物活动，他们会发生什么事？ 另一方面，背后一些人在悄然实施着计划――？创真新的战斗拉开了序幕！
远月学园迎来秋季选拔，获得选拔资格的创真迎来新的挑战。
成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。
故事以TV版为基础，战斗所剩下的骑士只有六人：城户真司(龙骑)、秋山莲(夜骑)、北冈秀一(钢兵),浅仓威(王蛇),雾岛美穗(FEMME)和神秘的龙牙RYUGA。雾岛美穗成为 骑士的目的是要杀死浅仓为姊姊报仇，并令姊姊复活。而北冈正是帮浅仓脱去杀人罪的律师，他因内疚而多次帮助美穗，可惜美穗并不接受，令他意兴阑珊的退出 骑士之间的战斗。为了报仇的美穗不理真司的阻止，仍多次与浅仓战斗，却反而令自己陷入危机，当浅仓向美穗下毒手时，龙牙突然出现解救美穗，并以强大的力量将王蛇压倒 ，令美穗成功杀死浅仓。由於美穗以为是真司救了她，便相约他出来吃东西希望报答他，而真司和美穗的感情亦得以发展，可惜这个美好时刻却被邪恶的 龙牙破坏。镜世界中的真司(RYUGA)假冒真正的真司袭击美穗，美穗於是与龙牙战斗但不敌，虽然美穗被真司所救，但最後因伤重而死…。 另一方面取回小时候的记忆的优衣，知道神崎士郎发动战斗的目的是为了自己(详情请看TV版剧情简介的部份)，於是她决定以自杀来阻止神崎士郎的疯狂行为 。另外真司亦知道自己是小时候间接害死优衣的人，令他感到非常内疚。此时镜世界中的真司出现，并欺骗真司说和他合体可拯救优衣，合体後的龇牙以最强Rider的身份向 放夜骑作出挑战。 得悉优衣已死的神崎士郎受不了打击，在痛哭嚎叫下消失了，镜世界中的成千上万蜻蜓怪因而失控，飞到现实世界袭击人类。战斗中的夜骑与龙牙终於发现优衣的屍体 ，在这个冲击下真司竟从龙牙的身体中分裂出来，并和龙牙作宿命决战。 最後真司和莲变身成SURVIVE形态，骑著契约兽飞向成千上万的蜻蜓怪，与它们作最後决战，走向未知的未来…。
