在某个时间点的日本，突然出现了文学书全部被染黑的怪异现象。 这是由书中带着负面情绪诞生的“侵蚀者”所导致的灾难。 被侵蚀的文学书，会逐渐地从人们记忆中消失，最后变得像是从一开始便不曾存在过一样。 于是，有特殊能力的“炼金术师”作为特务司书被派遣至图书馆， 为了对抗破坏书 中世界的“侵蚀者”、为了守护文学，与转世的文豪们一起战斗。
本片改编自TYPE-MOON出品的文字冒险类游戏《Fate/stay night》，是该游戏最终路线“HF线”动画剧场版全三部作品中的第二章。通过女主角间桐樱的视角，讲述了御主和英灵为了得到可以实现一切愿望的圣杯而相互厮杀的一场战争。 时隔10年在冬木市爆发的这场“圣杯战争”中，因被称为“圣杯战争”御三家之一的间桐家的当家·间桐脏砚的参战而变得更畸形、扭曲和恶化。作为御主参战的卫宫士郎也在战斗中负伤还失去了英灵Saber，尽管如此士郎为了守护间桐樱，并没有从战斗中引身退出。而担心士郎身体的樱，自己也无法逃离魔法师的宿命……
春日（植田慎一郎 配音）是一个标准的文学青年，成日埋头于书本之间的他将法国著名诗人波德莱尔的代表作《恶之花》奉为圣经。在春日的内心里，同班女生佐伯奈奈子（日笠阳子 配音）就是女神的象征，无奈于自己的平凡，春日只能依靠灼热的目光来传递心中的感情。 一次意外中，春日拾得了佐伯的体操服，鬼使神差之下他将还留有佐伯体香的体操服纳入了囊中，没想到，这一举动被班级里的“不良少女”仲村佐和（伊濑茉莉也 配音）完完全全的看在了眼里，而当春日想将体操服归还给佐伯之时他才发现，事态已经发展到了无法挽回的地步。利用春日的“弱点”，仲村和春日签订了所谓的“契约”，作为保守秘密的代价，春日不可以忤逆仲村的任何要求。恶之花静静的绽放，控制与被控制，一场三人之间的扭曲爱恋拉开了帷幕。
平和をもたらした暴虐の魔王は、 地底に広がる未知の世界で行われる神の代行者を選ぶ戦い《選定審判》に巻き込まれていく。 それは、あらゆる理不尽をものともしない《不適合者》の失われた記憶を辿る物語。 そして過去は世界の理へ導かれる——。 「神ごときの力が魔王を上回るとでも思ったか」
