磁星骑士描述的是在人类居住的五行洲之外，还有一个精灵的世界叫恒磁星。恒磁星的长老发现邪恶的红骑士妄图破坏两个世界，于是向五行洲派出了磁星精灵远征队，寻找能够拯救两个世界的磁星骑士。没想到，被选中的磁星骑士居然是散漫的阿峰、活在因事故死去的哥哥阴影中的向东、缺少父母陪伴的富家千金雅玲和从小失去双亲、性格孤僻懦弱的茉莉。这四个普通学生最初缺乏使命感，但在与邪恶分子的斗争中，逐渐克服了各自的缺点，齐心协力获得了胜利，成为了真正的磁星骑士。
故事发生在古老和繁华并存的京都，矢泽信之（杉田智和 配音）所经营的居酒屋阿信坐落在此处，千佳忍（三森铃子 配音）是在店内工作的服务生，两人的搭档行事十分默契。让他们没有想到的是，不知从什么时候起，阿信的大门竟然连接上了异世界阿伊特力亚的入口，每一天，来这里小酌放松的异世界居民们络绎不绝。 对生啤有着狂热热爱的汉斯（阿部敦 配音）、个性十分爽朗略微有些不拘小节的尼古拉斯（森久保祥太郎 配音）、外表看上去非常凶恶严肃但实际上很温柔的贝特霍尔德（小西克幸 配音）、斤斤计较的税务官格诺特（津田健次郎 配音），他们聚集在阿信里，共同享受着难能可贵的放松时光。
人类居住的“物质界”和恶魔居住的“虚无界”本来是互不干涉的两个次元，但是因为恶魔出于对物质的凭依，对物质界有了干涉。于是人类之中便有了驱除恶魔的“驱魔师”存在。 魔神（撒旦）的孩子奥村燐，隐藏了自己的出身，决意成为驱魔师，前往正十字学园内部存在的驱魔师培训机构·驱魔补习班学习。在地之王袭击的时候，奥村燐魔神的私生子的事败露了。因为畏惧魔神的“蓝炎”，同伴们与奥村燐之间的距离…… 在那样的时候，学园最深部被封印了“不净王的左眼”被不明人员偷窃，奥村燐等人陷入到了无法预料的事态。
