夜晚，洛洛在家里玩电脑游戏，突然落雷击中大厦，洛洛被传送到一个陌生的世界里。醒来之后，洛洛发现自己竟呆在一个以他最喜欢的机战游戏作为背景的虚拟世界。过不多久，茫然的洛洛就遭到猛兽族黑铁兽的袭击，差点小命不保，幸好时光之城的大将霹雳火及时出现将他救下，才避过猛兽族的追杀。洛洛与霹雳火结识成为朋友了，命运滚轮的转动无法避免，机战世界开始书写新的章程。
金阳原本是一个普通少年，有不少小毛病，但他有十分积极的心态、助人为乐的品格和不怕困难的勇气。一个偶然的机会，他参加了武当山太极学院夏令营，认识了年纪相仿的朱焰、蓝岳等人。校长静虚发给孩子们一些神奇的校徽，据说它与太极能量——元力息息相关。不料，此事被武当的千年对手影山得知。影山尊者发誓夺下武当山，派出手下不断刺探消息，骚扰攻击太极学院。金阳、蓝岳、朱焰等七位少年运用所学的知识，修炼的能量和“千年水滴”赋予的元力，与影山斗智斗勇，大家共同成长，逐步激发了内在的天赋，成为七彩“虹少年”。最终，他们和老师以及校长齐心合力，开启了真虹灵柱的能量，战胜了来犯的影山。
故事延续第二季主线，灵界与斗魂卫在利益纠葛之下冲突不断，本季灵界派出强盛军队欲对斗魂卫赶尽杀绝，两方势力都在以正在举办门宗大会的五法山为中心汇集，在这里发生着惨烈的战斗与冲突。
紫川秀11岁率领远东军校800学员大破当时流风家族族长流风西山于帝都城下，拯救紫川家族，但随后被当时的家族总统领杨明华解除兵权，发配到远东前线作战，效力于远东统领哥应星大人麾下。
天元的宇宙决战后，濒死的罗煞在千钧一发之际，被远古超文明时代爆裂帝王——猎天魄所救，来到地球。罗煞为了复仇，企图集齐6枚隐藏在遗迹里的爆裂晶片，复活猎天魄，利用其征服世界。飞伦和擎锋从天元宇宙胜利归来，高兴之余在极寒之境遗迹中再度遇见被打败的罗煞，得知其意图复活猎天魄、统治世界的野心。于是飞伦、擎锋与周皓博士联手，开始了抢夺爆裂晶片、阻止猎天魄复活的行动，踏上了前往世界各地的遗迹之旅。
