晶码战士》是一部大型科幻动画片连续剧，以“环保”为主题，围绕“历险”、“励志”展开，讲述了四位主人公与他们的晶码兽为了保护地球，与外星球邪恶集团作斗争的故事。
四大宗门之首的玄灵宗，多年来第一次来临水城选拔弟子，方秦两家围绕这一个将决定二者命运的契机，展开明争暗斗。最终，秦南依靠潜心修炼、绝佳天资以及奇遇所得的战神之魂，在使者萧轻雪的公正判罚下，成功扭转颓势战胜方家。进入宗门后，秦南因卷入萧轻雪被逼婚一事，惹来宗主之子欧阳君的仇视。为了不断变强，报答萧轻雪的知遇之恩，秦南屡破强敌，连夺万象大比、外门大比第一、与四大宗门天才共闯武缘阁，并获得搅动大陆的惊天秘密，与冷锋约战生死殿、破北海家围困临水城之难，探索九字真言塔，誓与宗门恶势力战斗到底。
古药大陆，万族林立，丹师为尊；双生武脉，再现世间！醉卧美人膝，成就丹道至尊！
故事延续第二季主线，灵界与斗魂卫在利益纠葛之下冲突不断，本季灵界派出强盛军队欲对斗魂卫赶尽杀绝，两方势力都在以正在举办门宗大会的五法山为中心汇集，在这里发生着惨烈的战斗与冲突。
一个身怀绝技的少年，没能通过遴选走上修真者之路，就在他调整好心态，接受这一事实的时候，几颗神秘的骰子突然出现，他突然拥有了神奇的能力，更被赋予重建神族的使命，少年的人生由此改变。
乐小宇受力奥和剑齿虎的委托，需要穿越到过去不同的时空，寻找分裂成十块的核晶碎片。与此同时，外星钶龙奥米伽为了抢夺核晶，也陆续派出十大钶龙属下前往地球。为了阻止核晶被抢、地球被侵略，乐小宇和同伴福星、立夏先后唤醒了以霸王龙为首的多个远古钶龙加入队伍，共同展开一场又一场惊心动魄的热血冒险历程。
