故事描写了一对由于灵媒体质而被妖怪纠缠的姐妹，姐姐静流的能力是“见鬼”（看得到妖怪）而妹妹瑞生则是“凭巫”（容易被妖怪附身），而他们可以徘徊于阴阳两界。 不知怎样培育这两个孩子的家庭，决定把他们托付给乡下的祖父母。在乡村平静的生活中，两姐妹从祖父母还有村民那里学习了与妖怪以及自然共存的重要意义，还理解了过去的人们尊重鬼神、敬畏自然的想法，通过植根于乡村生活中的风俗习惯掌握了现代人早已忘记的“珍贵的东西”。
平凡的小学3年级女生奈叶，在一次偶然的情况下遇到了来自异世界的尤诺，从而掌握了魔法的力量。在围绕着异世界的神秘遗产的战斗中，她与引领自己得到魔法能力的尤诺成为了好朋友，结识了一起为自己的战斗提供支援的时空管理局的人们，并且与异世界的少女菲特在曾经的战斗中结下深厚的友情。战斗结束后，半年过去了，奈叶一边在宁静的生活中继续练习着魔法，一边期盼着和朋友们的再会。突然有一天，她遭到了神秘人物的袭击，在随后出现的菲特的帮助下，两人终于击退了敌人，可是奈叶的魔力却被夺走了。原来这是一群阴谋计划完成禁断的魔导书“暗之书”的人在四处收集魔力。两人随后结识了掌握宿命之匙的少女八神疾风，三个少女一同勇敢面对命运的争斗……
这是一个人类理所当然拥有超能力“个性”的世界。被称为「笨久」的“无个性”少年·绿谷出久与憧憬的No.1英雄欧尔麦特相遇，被其发现绿谷隐藏的英雄资质，从欧尔麦特手中继承了“个性” One For All。笨久进入了英雄辈出的名门高中·雄英高中，以成为用“个性”拯救社会和人们的英雄为目标，和同学们一起度过了充满考验的每一天。 虽然打倒了宿敌All For One，但欧尔麦特也用尽了力量，便从职业英雄隐退。笨久继承了他的遗志，拿到了「职业英雄临时执照」，又接近了“最棒的英雄”一步。这时，笨久遇见了雄英三巨头中的一位，在职业英雄夜目爵士手下进行校外实习的三年级学生·通形未吏生。其压倒性的实力，让笨久更加向往在职业英雄事务所参加可以真正进行英雄活动的校外实习。另一边，不安分的＜Villain＞团体·死秽八斋会的年轻头领解修师，与继承了All For One意志的敌人＜Villain＞联军首领死柄木吊进行了接触。之后，在解修师的身旁，出现了一位少女的身影。 笨久与英雄候补生们即将与新的 “威胁” 进行战斗，新的 “使命” 挑战也开始了！！
这里是《人》《神》《魔》等各种种族都存在着的神秘世界密斯塔尔希亚 活泼的玛娜利亚王国公主——安 内向的龙族公主——古蕾雅 从两人的相遇开始，玛娜利亚魔法学院的生活开始了
