故事发生在灵山，这里聚集着一群地界“没有希望”的人们。他们大多数穷凶极恶，被社会抛弃在灵山占地为王，第四代魁拔迷麟诞生于此。天界苦苦找寻魁拔无果，为了消灭魁拔，决心将灵山轰为平地。迷麟从困境中崛起，他的精神也一步步唤醒了灵山众人有血有肉的灵魂。迷麟率领灵山军横扫地界各国，与天为敌，成为一代君临天下的霸主。
斗罗联邦科考队在极北之地发现了一枚蛋，蛋里孵化出了一个小男孩。科学家夫妇收养了这个身世不明的男孩，为他取名“轩宇”。几年过去，蓝轩宇和养父母一起过着平静的生活。然而武魂蓝银草觉醒后，他身上却出现了越来越多的谜团。
蓝星大陆遭受磁场风暴，导致环境剧变，灵气复苏。在天地灵气的滋养下，人类和动物的各项身体机能被无限激发，历经漫长的岁月洗礼，形成了灵兽和人类常年对峙，争夺生存空间的紧张局面。为了保护家园，人类不断发展科技与新型修炼体系，成立作战联盟，大力培养战斗型人才。少年凌天是初级学府琼海战校年轻一辈中的佼佼者，他拥有罕见的古神血脉，身怀神秘至宝“神脑”。一天，凌天从来自未来的助手炎灵口中，得知了三年后，大陆将面临一场重大劫难，自己也会在这场劫难中壮烈牺牲。自此之后，凌天为了人类的未来，听从炎灵的建议，决心在三年内修炼至巅峰境界，改变一切。
