该片讲述生活在仙灵大陆的小天，一直梦想着能和仙人的后裔一样，成为拥有灵兽的超级仙灵师。有一天，在机缘巧合之下，小天和上古灵兽玉骐麟相遇，二人成为好朋友，相约一起闯荡江湖，参加仙灵大赛。在旅途中，他们不断战斗并收服了各种各样的奇异灵兽，也认识了凤儿、龙马等仙灵师伙伴，大家为了各自的目标而努力着，而小天和玉骐麟，也渐渐发现了自己的真正使命。
佟湘玉（闫妮 配音）身为同福客栈的掌柜，却有着不一般的身世和不为人知的过去，她眼观六路耳听八方，为人处世圆滑又不失分寸，是一位能够掌控大局的老板娘。白展堂（沙溢 配音）曾经是江湖传说中的盗圣，如今金盆洗手，成为了客栈的跑堂伙计，为人耿直善良的他和佟湘玉渐渐走到了一起。 郭芙蓉（姚晨 配音）平日里大大咧咧，冒冒失失，但有着一颗痴情而正直的心，她满心里想着的，就是和毒舌秀才吕轻侯（喻泰恩 配音）一起双宿双飞，过上日出而作日落而息的幸福生活。小小的同福客栈之中藏龙卧虎，众人在打打闹闹之中撞破了一个惊人的阴谋，在武林之中掀起轩然大波。
瀛洲界内，诸子百家，唐诗宋词，皆有书灵。在《唐诗三百首》中醒来的书灵顾七绝，骑着《山海经》的神兽驳， 与为了养活自己和一群妹子而努力奋斗的乐五音一起踏上了一条寻找唤醒其他书灵的道路。
青城山灭派，玄门遭遇旷世劫难。朱离地煞觉醒，携青城掌教冷霜凝险夺玄珠，再顾青玉坛，蒙星象子指点，欲共赴昆仑抵御魔道大军。天一子未赴中秋之约，太白子知道天一子已遇不测，开始查探凶手，本以为是魔道的阴谋，没想到在昆仑派发现了一些端倪。魔道势力风谲云诡，其间隐情扑朔迷离，深不可测的魔道高人邓辰因为太初九元的转世，重出天阴谷，纠集紫衣人等魔道长老集齐三才秘要，欲救出魔道祖师天魔元煞，登顶昆仑之时，幕后黑手阴谋乍现，玄魔两派均遭扫荡。玄魔两派，孰正孰邪，灵飞纪第三季为您揭开面纱。
