住之江圭太是个临近高中升学考试的初中三年级男生。他在小时候由于父亲再婚，而和可爱的双胞胎姐妹·亚香和理香成为了姐弟。尽管没有血缘关系，三人也关系和睦地一同成长，但不知从何时开始，亚香和理香却似乎对圭太产生了恋情。看似是个认真的人、实际上是闷骚类型的亚香，以及虽然说话很冷淡、内在却很积极的理香。被两人所逼近的圭太，陷入了并非是由于应考学习所导致的、另一种意义上的困境
拿到这本由死神路克所掉落的死亡笔记本的人，是日本的高中生“夜神月”。月将世界上一个个犯罪者的名字写进笔记本上杀掉，他相信这样的行为会是正义，誓言要将世界变成一个没有犯罪者的新世界，而他将是这个新世界的神。发现有人在制裁犯罪者的一般民众，开始称呼这位制裁者为“奇乐（KIRA）”（KIRA为Killer的日文拼音，意思是杀手。）另一方面，察觉到奇乐出现的ICPO（国际刑警组织，Interpol），委托一个名为“L”的侦探来调查奇乐事件。L是唯一能动员全世界警察的人，世界上很多陷入胶著的案件都是由他查出。他的本名、长相、居住地等，完全没有人知道。认为奇乐是罪恶的L，用巧妙而大胆的方式证明出“奇乐你就在日本关东地区”，在日本设立搜查总部挑战奇乐。奇乐和L，从此为了揭露彼此的真面目，也为了彼此的正义展开了一连串的斗智。
在一个地方，宝石宠物和人类和睦的在一起生活着。这时候茱莉亚女王拜托了宝石宠物，叫他们收集魔法宝石，并且给露比等人魔法宝石箱...
我一定会拯救你。在打倒了魔女教大罪司教「怠惰」担当——培提其乌斯·罗曼尼康帝之后，菜月昴和爱蜜莉雅又得以重新开始。克服了艰难的诀别，两人终于和解，然而这只是新一轮风波的序幕。超乎想象的绝境危机，接踵而至的残酷现实。少年将再次直面残酷的命运。
故事开始于四月一日君寻和壹原侑子的命运相遇。自从遇到侑子后，四月一日遇到了形形色色的人和物，发生了许许多多的好事坏事，他自己也发生了很大的改变。然而店主人侑子留下了最后的愿望之后，却消失了。于是四月一日守在店里，等待有一天与她重逢。 这十年来，四月一日每日守着店，昔日的高中生业已成熟。这天，已经成为大学助教的百目鬼静来到店里，跟四月一日说起一件怪事。因为他是民俗学方面的专家，于是被一户大家族委托鉴定父辈遗留下来的古物。他发现了荼吉尼天手札，同时也发现这户人家十分不同寻常。四月一日通过录像接受了委托，于是派出管狐，让它和百目鬼一起到那户人家里完成任务……
特别会谈后的某天，桐人接到了隶属总务省“假想课”的菊冈诚二郎委托。 那是在枪械与钢铁的VRMMO“Gun Gale Online”(简称GGO)里突然发生的“死枪”事件。 被谜样角色以漆黑之枪的所击中的玩家，在现实世界里也会随之“死亡”……因故欠了人情而无法拒绝帮忙调查的桐人，虽然对于“假想世界”对“现实世界”发生物理影响这件事感到不可置信，但还是登入了“GGO”。 桐人为了寻找关于“死枪”的线索以及对于自身角色变化感到疑惑，而在不熟悉的枪战类型游戏里徘徊。这时对他伸出援手的，是一名习惯使用名为“黑卡蒂Ⅱ”的狙击步枪之少女诗乃。 全新故事就此展开！
