时值纪元前——至此未曾经历大一统的中原大陆，正处于长达500年的春秋战国时代。主角是生于严苛的战乱之世的少年——信，他是秦国境内一个立志成为大将军的年轻人，却因故卷入春秋战国的秦国宫廷内斗(秦始皇幼年时期) 。他将以一己之力于天下留名！
某个大陆的、某个时代。 大陆南北分割的战争结束了，世界逐渐走向了和平。 在战争中、作为军人而战斗的薇尔莉特·伊芙加登离开了军队，来到了大港口城市。怀抱着战场上一个对她而言比谁都重要的人告诉了她“某个话语”――。 街道上人群踊跃，有轨电车在排列着煤气灯的马路上穿梭着。薇尔莉特在街道上找到了“代写书信”的工作。那是根据委托人的想法来组织出相应语言的工作。 她直面着委托人、触碰着委托人内心深处的坦率感情。与此同时，薇尔莉特在记录书信时，那一天所告知的那句话的意思也逐渐接近了。
怪盗基德的预告信出现在了北海道函馆，斧江财阀的收藏库中。这次基德将要盗走的是，江戸幕府时期新选组副长土方岁三的日本刀。向来追逐奢华宝石的怪盗基德，居然会看上刀？ 此时，被称作西部名侦探的服部平次和柯南一行人，也因为剑道大会来到了函馆，在基德执行预告的当日，平次看穿了基德的伪装并对其穷追不舍！ 同一时间，一具尸体在函馆仓库街被发现，尸体的胸口有一个十字伤口。搜查中，出现了一位被叫做“死之商人”的活跃于亚洲一带的美籍日裔军火商。这个人一直在寻找斧江家初代家主藏在函馆的宝藏。斧江家江戸幕府战争时代深耕军需产业，传说那宝藏是能扭转幕末纷争的强力武器，而这宝藏似乎和基德追逐欲盗取的刀有着千丝万缕的联系。在基德瞄准刀的同时，有一位剑士也在向基德逼近……
1989年，日本。 乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
新岛圭介自十年前最爱的妻子贵惠去世后，完全没有生气，被周围的人看作是阴郁的男人。虽然他最希望自己的独生女麻衣幸福，但除了赚取生活费之外什么也没做，心里很难过，甚至连沟通都很困难。两人的时间，停止了十年。有一天，背着双肩包的陌生女孩拜访了这对父女。她说“我是十年前去世的你的妻子。” 妻子在这个世界上重生了。停止了的家庭时间，又重新开始了。
