在兽型战士的联合攻击下，幕后黑手巴罗坠入了黑暗之门，猪猪侠和小伙伴获得了国王的嘉奖，人类与怪兽握手言和，童话世界恢复了和平。然而，巴罗并未丧生，他在黑暗之门获得了黑暗势力的支持，变得更加强大。巴罗接受了“摧毁童话世界”的新使命，不仅毁掉了五灵锁和怪兽研究社，而且其真实身份曝光后，兽型战士也陷入了难以抉择的境地，童话世界岌岌可危。失去了五灵锁的兽型战士们该何去何从？得知真相后，猪猪侠是否还能坚持战斗？危险正在靠近，信念正在动摇，童话开始崩塌，新的力量正在崛起……
平凡少年韩立出生贫困，为了让家人过上更好的生活，自愿前去七玄门参加入门考核，最终被墨大夫收入门下。墨大夫一开始对韩立悉心培养、传授医术，让韩立对他非常感激，但随着一同入门的弟子张铁失踪，韩立才发现了墨大夫的真面目。墨大夫试图夺舍韩立，最终却被韩立反杀。通过墨大夫的遗书韩立得知了一个全新世界：修仙界的存在。在帮助七玄门抵御外敌之后，韩立离开了七玄门，前去墨大夫的家中寻找暖阳宝玉解毒，并帮助墨家人打败了敌人。通过墨大夫之女墨彩环的口中得知太南小会地址，韩立为追寻修仙人的足迹决定前往太南小会，拜别家人后，韩立来到太南谷，结识了一众修仙人士，正式展开了自己的修仙之旅。
明日岛虽然鼓励创新，但新技术存在着很高的风险，同时明日岛也面临着很多自然灾害。面对各种危机，由代表科学（S）的赛拉斯、技术（T）的甜甜、工程（E）的爱迪、艺术（A）的阿力、数学（M）的曼妮莎和运动（！）的小金组成的超学先锋就会挺身而出，赶往救援的第一线。在塞拉斯的指挥下，队员们分工合作，利用各种科学知识解决各种麻烦。在处理危机的过程中，队员们可能会产生观点和行动上的分歧，但最后大家总能坚持团结合作精神，并找到解决问题的最佳方案。而人工智能百变校巴作为超学先锋的重要成员，也会变身各种工程车，助力救援行动。
紫川秀11岁率领远东军校800学员大破当时流风家族族长流风西山于帝都城下，拯救紫川家族，但随后被当时的家族总统领杨明华解除兵权，发配到远东前线作战，效力于远东统领哥应星大人麾下。
西行小队前往彼岸取永恒之火，途径人间镇，被穷奇地洞的奇幻绮丽之景象所吸引，误入洞中，因此意外得知了穷奇地洞的大妖百眼魔君的阴谋。为阻止即将侵袭整个妖怪大道的惊世之灾，师徒齐心作战，当孙悟空被控制神智，化身巨猿，面对前所未有的绝境与危机，西行小队又将如何逆风翻盘？
在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
