艾莉丝消失后过了几个月。鲁迪乌斯尽管内心感到空虚，还是为了寻找母亲塞妮丝，来到巴榭兰特公国的第二都市罗森堡。胸中抱着强烈孤独感的鲁迪乌斯原本打算单独行动,却受到路上认识的队伍半强迫式的邀约，和他们一起处理委托..... 「我不能自暴自弃，该去做那些必须做的事情」。历经千辛万苦后，对于和艾莉丝分离一事应该已经做出决断。然而，这件事却在意外的方面侵蚀鲁迪乌斯..….... ?
一个叫Humarize的神秘团体坚信怪癖奇点末日理论，该理论认为，当怪癖与后代进一步融合时，这种力量将带来人类的终结。为了拯救每一个人，世界各地的职业英雄们要求训练中的UA学院英雄们协助他们，组成一支世界经典的英雄选拔队伍。在我的英雄学院发生的最危险的危机中，拯救世界和英雄的未来取决于英雄们。
尼尔斯（小山茉美 配音）是个调皮捣蛋的小学生，他不爱学习懒惰认性，喜欢捉弄小动物，爸爸（津嘉山正种 配音）妈妈（池田昌子 配音）对他都失去了信心。因得罪了小妖精（槐柳二 配音），尼尔斯被妖精施魔法变成了个小人。常被他欺负的动物们都很高兴，它们纷纷对尼尔斯进行报复。他家常被迁徙的雁群嘲笑的鹅莫尔典经过反复练习飞上了天空，尼尔斯和跟他一起变小的卡骆驼（山崎唯 配音），骑着它飞上了天空，跟着大雁群去旅行了。他神奇地能听懂了动物的语言，在湖边他救了被狐狸袭击的大雁，在途中又救了森林里的小松鼠，一路上尼尔斯遇到了很多危险也在成长中磨练了自己，并从各种动物身上学习它们的优点，也帮助了很多动物。尼尔斯骑着鹅莫尔典在慢长的旅途中，还会碰到哪些困难和危险呢？他能否实现他的愿望变大回到家中变成一个好孩子吗？
