末班车后，在胶囊旅馆向上司传递微热的夜晚

真城最高（阿部敦 配音）是一个在绘画方面极有天赋的少年，年纪虽小却已经获得了大臣的认可和赏识。可是，从事漫画行业的叔叔之死让他放弃了创作漫画的梦想，封闭起心灵，过起了得过且过的放浪生活，直到好友高木秋人（日野聪 配音）出现在了他的面前。                                                                      　　秋人的梦想是成为一名漫画家，可是，在文学创作上独树一帜他却对漫画一窍不通，在得知了高城的过去后，他向高城发出了邀请：“我写剧本，你创作，让我们成为漫画家吧！”虽然高城心里有千百个不情愿，无奈自己暗恋同班同学亚豆美保（早见沙织 配音）的把柄抓在秋人手上，就这样，两人踏上了成为漫画家的修罗之路，而高城对漫画的热爱也慢慢的被重新点燃了。

期望不受束缚自由自在生活的遥，与最好的伙伴们迎来高中最后的夏天。因为看不到毕业后的将来而感到迷茫，无法集中精神，继而与担心他的真琴等人争吵起来。和这群无可取代的同伴们有着深厚牵绊的遥，想去的未来究竟在哪里呢？

　　SIDE6沉浸在一片安宜祥和的气氛中，这里远离战场，几乎从未发生过什么战事，驻守在这儿的联邦军的部队也并不多，这一点，并不使少年阿鲁高兴，因为他是一个军事迷，渴望看一下激烈的战斗场面。一日阿鲁正与朋友们交流时，殖民地内发生了骚动，这是由吉恩的小股侦察部队与联邦发生的冲突所引致，不久，一架受了伤的扎克（改），掠过阿鲁的上空，坠落在离他不远的林间草坪上。
　　被击落的吉恩新兵巴尼，用自己的军衔章换取了阿鲁的摄影机磁卡，这里面记录有阿鲁从联邦的工厂里到的MS组装画面。此外，还有几日前从地球搬来的阿鲁家的邻居红发女郎克丽丝的倩影。巴尼获取的情报，引起了吉恩军的注意，他们立即组建了一支突击小队，执行破坏高达的任务。于是，巴尼所在的小队，依靠一场小规模的战斗的混乱，再度潜入SIDE6。在宇宙殖民地中，巴尼又一次与阿鲁相遇。
　　理想成为MS驾驶员的少年阿鲁，自愿为吉恩突击小队侦察联邦军的秘密基地的位置，并与监视他的青年巴尼成为了好友。一日，巴尼在阿鲁的窗下与克丽丝邂逅，这为巴尼的监视任务带来一分情趣。同时，在突击小队的秘密仓库中，对高达用新型MS--坎普玛正在组装中，计划在圣诞节前，完成破坏阿历克斯的任务。一切准备工作完成后，破坏高达作战展开，由吉恩老兵驾驶的坎普玛，将驻守的联邦部队打得落花流水，并与突击小队配合，很快到达了停放阿历克斯的秘密工厂，阿历克斯NT-1仓促应战，并以性能的优势将坎普玛击败。至此，吉恩突击小队作战失败，小队除巴尼以外全员战死。
　　吉恩突击小队作战失败后，小队唯一幸存者巴尼接到了立即撤离SIDE6的指示。因为吉恩军没有机会再组织力量破坏高达，于是他们打算圣诞夜之前，用核弹摧毁整个宇宙殖民地。巴尼得知消息后，要求阿鲁立即通知家人与克丽丝尽早离开殖民地，但遭到阿鲁的反对。阿鲁希望自己心中的优秀驾驶员巴尼，能击溃阿历克斯挽救殖民地的命运，于是巴尼只得一个独自离开。
　　警方无法相信阿鲁的报警，置之不理。同时，吉恩军搭载核弹头的攻击舰已驶离母舰。阿鲁面对朋友与家人几欲绝望，此刻在机场，巴尼正犹豫不决，最终，他下定决心，为了阿鲁与心爱的克丽丝，以及殖民地的人们，向阿历克斯发出最后的挑战。在阿鲁的协助下，他修复了初次袭击SIDE6时被击落的扎克，用唯一的武器--能量斧对NT-1发起了攻击。与此同时，阿鲁从父亲的口中得知了吉恩军将于数日后签定终战协议，他飞奔着跑向巴尼战斗的地方，但在他面前支离破碎的NT-1的光束剑，已刺穿了扎克的座舱。而救护人员从NT-1的座舱中抢救出的联邦驾驶员那一头秀丽的红发，更使阿鲁呆然……