因双亲要在海外出差，所以一人留在日本的主人公以一年为期限住在了舅父的家里。之后转校到八十神高中的他得知一个深夜电视的传言在雨夜的十二时，只要看着关闭着的电视屏上自己的脸，就会浮现出另一个人的映像。主人公与同伴为了确认这一传言是否属实，不料被拉进了异空间，在那里被称为暗影的怪物袭击，与怪物接触时主角一行人的Persona能力觉醒。为了掘开深夜电视与连续杀人事件之间的关系，以及避免其他人被卷入该事件，他们组成了特别搜查队展开了战斗。
2010年11月“β世界线”——主人公·冈部伦太郎跨越无数的苦难与悲哀，终究还是放弃拯救“她”的世界线。跌落失意谷底的冈部伦太郎。担心着他的同伴们。没能得到拯救的“她”将会变得如何？迎来新的角色，描绘而成的“零”之物语。
以节能为座右铭的高中生折木奉太郎， 为一个小小的原因而加入了濒临废社的“古典文学部”。古典文学部的社员，包括他在社里认识的好奇宝宝，也就是女主角千反田爱瑠，还有他从国中就认识的伊原摩耶花和福部里志。这是他们四人以神山高中为舞台，对一桩桩事件展开推理的青春学园推理剧。“我很好奇！”奉太郎平静的灰色高中生活，因为千反田的这一句话而为之一变！
