辉夜大小姐想让我告白：天才们的恋爱头脑战第二季

　　时为2138年。曾卷起一大风潮的虚拟现实体感型网络游戏《YGGDRASIL》即将迎来停服。                                    
                               　　玩家飞鼠在曾经以同伴和荣华自傲的根据地纳萨力克地下大坟墓，独自一人安静等待着那一刻。                                    
                               　　但，发生了结束时间已过却没有登出的异常事态。                                    
                               　　NPC们以自己的意志行动，不止如此，纳萨力克之外展开了从未见过的异世界。                                    
                               　　飞鼠为了寻找过去的同伴，                                    
                               　　以公会名安兹·乌尔·恭自称，决定在异世界扬名立万。                                    
                               　　他与宣誓绝对忠诚的部下一同，向新的地域进军。                                    
                               　　将世界收于掌中的死之支配者，于此再临！！                         

　　直人（森川智之 配音）和直也（石田彰 配音）是雾原家的两兄弟。由于拥有不同与常人的超能力，两人从很小的时候起就与养父御厨恭二郎（中村秀利 配音）与世隔绝居的住在荒无人烟的森林深处。也多亏了直人的陪伴，能够解读人心的直也才得以在这个充满黑暗和邪恶的世界中继续生活下去。
　　御厨恭二郎的死解开了森林里的结界，毫无社会经验的兄弟两人流落到人心叵测的社会中区。要在这里生存，就得吃饭，想吃饭，就要先赚钱。因为自身的超能力，两人几番经历的惊险时刻，亏有神秘的少女双海翔子（渡边明乃 配音）出手相助才得以脱险。而就在两人渐渐适应社会生活的时候，他们发现，自己貌似被卷入了某个阴谋之中。

　　在某个城市中存在着不为人知的被称为Amazon的吞噬人类的异形的存在。它们的数量，竟达到4000只。制造出这个怪物的元凶正是野座间制药公司！命令名下的野座间Peston Service驱除班秘密处理“Amazon”。
　　就是在这种情况下，在清洁干净的房屋中一步也不出去的平稳生活着的青年水泽悠和只靠野生的直觉和战斗力的像野兽一样的活着的男人鹰山仁相识，慢慢懂得了在“Amazons”的激烈的生存斗争中生存下去的故事。

一宫绘留奈在国中时期过着单纯的御宅生活。在亲人与表哥二宫时雨的说服下开始挑选想要就读的高中，挑选条件毫无疑问是“可爱的制服”。最终挑选的结果是私立御神乐学园，虽然原本因为“二宫就读”而在最初就剔除，不过一宫在招生指南上看到御神乐星锁穿着制服的模样后马上就回心转意。不过，开学当天对今后生活心情激动的一宫，却在新生欢迎会上见到学长姐们暴走的身影。而且，这所学校里存在着“一个月内未参加任何社团活动的人将被强制退学”这样的校规。一宫能在学园中度过理想中的校园生活吗?

拿到这本由死神琉克所掉落的死亡笔记本的人，是日本的高中生“夜神月”。月将世界上一个个犯罪者的名字写进笔记本上杀掉，他相信这样的行为会是正义，誓言要将世界变成一个没有犯罪者的新世界，而他将是这个新世界的神。发现有人在制裁犯罪者的一般民众，开始称呼这位制裁者为“基拉”（KIRA）”（KIRA为Killer的日文拼音，意思是杀手。）另一方面，察觉到基拉出现的ICPO（国际刑警组织，Interpol），委托一个名为“L”的侦探来调查基拉事件。L是唯一能动员全世界警察的人，世界上很多陷入胶著的案件都是由他查出。他的本名、长相、居住地等，完全没有人知道。认为基拉是罪恶的L，用巧妙而大胆的方式证明出“基拉你就在日本关东地区”，在日本设立搜查总部挑战基拉。基拉和L，从此为了揭露彼此的真面目，也为了彼此的正义展开了一连串的斗智。

　　抱持着帮助他人而化身魔法少女，与此同时却必须背负着残酷的命运。在接二连三的战斗中，善良的美树沙耶加（喜多村英梨 配音）彻底耗尽自己的生命。当她的尸体被晓美焰（斋藤千和 配音）和佐仓杏子（野中蓝 配音）带回时，令她的好友鹿目圆（悠木碧 配音）感受到前所未有的悲伤与痛苦。而从丘比（加藤英美里 配音）那里听说到魔法少女的宿命之说，不禁让她受到前所未有的触动。在杏子的建议下，小圆决定救助沙耶加，而她们即将与最强的魔女之夜（水桥香织 配音）碰面。有关魔女的前途与生命，她们走上一条凶险非常的道路……
　　本片为魔法少女的剧场版，分三部上映，由TV版12话重新编集而成。