摇滚都市

　　作为学校成绩名列前茅的水谷雫（户松遥 配音），实际上却有着和可爱外表超级不相配的冷漠性格。在她的眼里，将书读好，把钱赚够，这就是她梦寐以求的生活，至于其它的一切，都不过是会干扰她向目标迈进的浮云罢了。就是这样的雫，居然接到了一个非常棘手的麻烦——去给学校闻名遐迩的不良少年吉田春（铃木达央 配音）送讲义！
　　虽然初次的相处并不愉快，但随着接触的深入，雫发现，吉田春并不如表面上所看到的那样乖僻的粗暴，正相反，在他高大的躯壳里，居然藏着一颗害怕伤害他人的善良的心。因为害怕伤害，所以索性就全然拒绝，这就是吉田的处事哲学。而对于吉田来说，曾经看不上眼的优等生雫，也有着天真和细腻的一面。这样的两人在误解中渐渐的相互吸引着，再加上周围一帮稀奇古怪的损友们，甜蜜又青涩的校园恋爱剧就此拉开序幕。

为了应对吉亚迪所开发出的完全独立无人战斗兵器“军团”的入侵，其邻国圣格诺利亚共和国开发了无人战斗兵器毁灭之力。但是，无人战斗机只是空有名号，实际是没有被认可为”人“的人们——86——驾驶，被当作道具来使用。                                                                      　　由”86“所组成的部队“先锋战队”的队长少年・辛艾，在只能等待着死亡的令人绝望的战场上为了某个目的而战斗着。在那里，共和国军队的精英・蕾娜就任了新任指挥管制官。她小时候有着被86所救助过的经历，因此想把被作为“人形猪”而遭到轻视的他们作为正常人类来对待。                                                                      　　只不过是为了战斗而被作为道具使用的少年以及被寄予了未来期望的精英才女，本不应当有所交集的两人，在激烈的战斗中看到了未来——

那还是人与非人的世界未曾分开的远古故事。                                                                      　　流德雪尔率领的〈光之圣痕〉与魔神族的圣战，激化至波及布里塔尼亚全境。                                                                      　　取得3个戒禁的艾斯塔罗萨失控暴走，带走了伊丽莎白。金、高瑟、霍克、沙利叶、塔米叶紧随其后，抵达了天空演舞场遗址。                                                                      　　与此同时，在卡美洛城中，决定成为新魔神王的梅利奥达斯，在暗黑领域的茧中逐步获取戒禁。                                                                      　　为了拯救梅利奥达斯的灵魂而将自身投入炼狱的班，徘徊于常人决无法存活的瘴气当中。                                                                      　　逐渐明朗的艾斯塔罗萨的真正身份。崩坏的高瑟之禁咒。纠缠在一起的思绪将去往何方……                                                                      　　真正的敌人是谁？应讨伐之人为何物？                                                                      　　对抗“永远的生与永劫的轮回”这一命运，而持续了3000年旅程的梅利奥达斯与伊丽莎白。两人的旅途将会迎来怎样的结局——

　　缅因猫兽的暴走，以及由此引发的重启。 　　留下苦恼的芽心，太一等人前往数码世界。 　　重逢的搭档数码宝贝们，失去了至今为止的全部记忆。 　　即使如此也为了再次筑起羁绊，而伸出手去的被选召的孩子们，与回应此的数码宝贝们。 　　但，唯有比丘兽即使进化为成长期，也依然表现出警戒…… 　　“所以说过去的事情我不知道啦！” 　　面对比起自己更加优先关心他人的空的好意，比丘兽反而抱持着不信任感。 　　对于因受伤而久久伫立的空，太一和大和找不到能对她说的话语。 　　接下来，应该在数码世界做些什么才好—— 　　在商谈此事的众人面前，缅因猫兽突然现身，之后又消失了。他不知为何残留着原先的记忆，寻找着芽心，含泪彷徨着—— 　　看到这副景象，孩子们为了拯救缅因猫兽而对数码世界之旅下定了决心。但，他们的面前却出现了那个驱使黑暗四天王的男人的身影。 　　此时，现实世界的西岛收到了姬川失踪的报告。 　　调查此事的他，查出了姬川至今为止的行动背后隐藏着某个目的。 　　此事还关联着决定了两人命运的过去的某件事……

　　这日柯南、小兰一行人来到米花市市政大厅，一场有关最新游戏“茧”的发布会正在这里召开。由于迥异于以往任何一款游戏的“茧”可能一举改变全球游戏业界的价值观，发布会吸引了代表日本上流社会的政治、财经、演艺界人士，50名游戏体验者也多是他们的后代，新一的父亲、推理小说大师工藤优作由于参与故事编写，也来到现场。这边热热闹闹，游戏的研发者兼负责人坚村却被杀于地下室。坚村死前留在键盘J、T、R上的血迹令柯南想到答案可能在游戏中，他利用优作的关系加入了体验者队伍，小兰、灰原哀等人也拿到了体验入场券。
　　50名体验者刚分别进入一个外型酷似蚕茧的“大型胶囊”，游戏即被自称“诺亚方舟”的人工智能控制，“诺亚方舟”称游戏将提供5个完全真实的历史场景，体验者可选择其中之一进入，被淘汰会进入休眠状态，若最后无人走到终点，他们的大脑组织皆会被摧毁，此举是为令日本社会重生。柯南一行及几个骄横无礼的上流社会公子哥进入的是19世纪伦敦的贝克街，那里杀人犯开膛手杰克正在兴风作浪，他身上正有柯南要找的答案！而优作也在现实中正对案件展开调查。

“旭丘分校”的学生，仅有五人。虽然学年性格各不相同，但大家一起做菜、一起捉虫、一起试着练习乐器……春夏秋冬四季变换的乡村生活，一直都那么让人兴奋。虽然一如既往地平和，但在欢笑和感动当中，心中也变得温暖起来。悠哉悠哉的几位成员所度过的日常，再一次开始了。