静电超强力？午饭变酸了！没想到这个世界除了有烦恼星人，还有麻烦分子！麻烦分子比烦恼星人还小，小到肉眼看不见，超迷你战士必须把自己缩小到千分之一，才能进入纳米世界打击新形态的敌人；麻烦分子看起来天真无辜，却能对人类世界造成极大的麻烦，到底它们从何而来，又有什么目的呢？快呼叫超迷你战士，打败你的麻烦！
传说中被封印的年再度降临人间，肆虐大地，并酝酿着巨大的阴谋 —— 让大地陷入永恒的黑暗，受他统治。与此同时，唯一能够战胜年的“紫魁星”也转世降生在东海的一个渔村，他就是我们故事的主人公 —— 小海。年的肆虐毁灭了渔村，并吞掉了小海的父母和保护小海的灶王爷，小海必须找到传说中的“十二圣兽”习得他们的功夫，才能战胜年。于是，小海和第一只圣兽 —— 灶王爷身边的小老鼠“多来米”一起踏上了寻找其他圣兽的漫漫长路。 在前后遇到虎、猪、马、牛几位师傅后，小海渐渐从一个什么都不会的普通孩子成长为一个功夫高手。但是，在牛师傅的火焰山，和年的一场战斗让小海意识到自己与年的差距还太大，受到打击陷入低潮。之后掉下山崖的小海被羊师傅救起，养伤过程中，小海在羊师傅和多来米的帮助下重建信心。 成长的小海不再盲目冲动的要去找年报仇，而是潜心寻找其余的师傅继续提高自己的功夫修为，又相继找到了兔、狗、鸡、猴、蛇等几位师傅。在遇到了猴师傅智空大师，并经历了在佛法圣地朝宗山上的修行后，小海真正明白了与年的战斗并不是为了个人恩怨而是为了拯救天下苍生。此时，年的阴谋日益临近，在遍寻不到龙师傅的情况下，小海决定先行前往阻止年。 一场大战，小海被打下深海，却意外的在海底遇到了早就被年囚困在此的龙，小海救了龙。龙召唤其他十一圣兽帮助小海成为真正的紫魁星。但还是迟了一步，年的阴谋得逞，黑暗降临整个大地，小海也被年吞进肚子里。 年在大陆上四处肆虐，小海也在年的肚子里大闹，痛苦的年不得不将小海又吐出来。小海和年的最终大战来临，小海在十二圣兽和天下百姓的烟火齐鸣下，终于战胜了年。黑暗散去，大地恢复一片祥和。从此，这一天被命名为“年”，同时为了纪念十二位圣兽，人们将每一年以一个生肖做属相，代代相传。
在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
未来，人类对宇宙的探索进入了繁盛时代。机械师陈末本以为能搭乘星际飞船顺利达到人类开发的新世界——野原星。没想到一觉醒来，野原星成为一片焦土，而队友都变成了可怕的傀儡怪物。陈末并不知道，在休眠舱沉睡的几百年间，人类已经建立了星际联邦，野原星发生异变生灵涂炭。为什么我还活着？——怀着无数疑问，陈末修复了四名性格各异、功能不同的机器人助手，在他们的帮助下每天打怪求生、囤积物资，准备重返地球家园。然而一名从天而降的外星女人彻底打乱了他的归程计划，这位名叫克莱缇的美丽索恩贵族女爵，将倒霉的陈末带向了更大的麻烦之中……
这是一个亦真亦幻的世界，梦境和现实完美的对接。很多东西并不是建造出来，而是由每个梦主人用意识所创造的，你有多相信这个梦境，它就有多真实。生活在这个世界里的人基本是分不出现实和梦境的，他们穿梭在现实，别人的梦境，甚至自己的梦境中而不自知。用自己的意识影响别人，也同时受别人影响，整个世界因梦而改变着，变美好，变邪恶。
本剧讲述超级飞侠与超级宠物们乘着迷你基地前往世界各地旅行，在旅行过程中邂逅世界各地的小朋友，并帮助小朋友们解决种种困难和问题的故事。如在冰岛海域，他们通过声波探测设备，帮助海豚宝宝找到了海豚妈妈；在喜马拉雅山脉附近，他们把快要滚下山坡的小男孩基玛和爸爸以及巨雪人宝宝安全救下。尽管困难不断，但超级飞侠和超级宠物们每次都会带着炫酷的装备，圆满地解决问题。
