为了整理外婆的遗物，主人公鹰原羽依里在暑假独自来到了鸟白岛。 走下一天只有几趟的渡轮，他遇见了一位少女。她任凭海风吹拂着发丝，只是眺望着……那水天相接的边境。回过神来，那位少女不知已经去往何方。羽依里似乎有些怅然若失，但他还是向外婆家走去。 有一位羽依里的小姨住在外婆家，她已经开始在那里整理遗物了。羽依里帮忙整理着充满着外婆回忆的遗物时，也逐渐适应了初来乍到时让他无所适从的“岛上的生活”。 在都市生活中无法体会到的，与大自然的邂逅。这样的岛上生活，能让他想起曾经遗忘的，值得怀念的点点滴滴。 与眺望着大海的少女相遇。 与迫寻奇幻蝴蝶的少女相遇。 与寻找回亿和海盗船的少女相遇。 与住在宁静灯塔的少女相遇。 在岛上结识了新伙伴——曾经想着，如果这个暑假永远不会结束就好了。
庆长19年，73岁高龄的德川家康为了第三代将军继承人人选的问题而烦恼。是愚笨的哥哥竹千代，还是天资聪慧的弟弟国千代。在这乱世里第三代将军的继承问题落到了两大忍术宗家－－甲贺流和伊贺流的身上。家康决定由两家各派出10名最优秀的忍者（真人电影版中为各5名），进行一场生死大对决，两派之中幸存下来的一方将得到千年的荣禄，并由其支持的一方继承人继承将军的名号。
经历漫长的战争之后便是极速成长的新时代。为准备中忍考试，佐助的女儿宇智波佐良娜，优秀下忍巳月，以及漩涡博人三人，在村子里的练习场进行着各种练习修行。 第一次考试是考验智力，二次考试团则是队合作。不断突破难关的博人他们，终于在第三次考试的个人战格斗场在五影的见证下与鹿丸的儿子对阵。 而正在这时扭曲空间的大爆炸袭来，出现自称大筒木桃式和大筒木金式的二人组，操纵着寄生在双手里的写轮眼的他们一心想要夺取鸣人的性命，最终鸣人被他们带走。 第一次知道父亲走过的路，以及明白了对父亲的思念的博人，将他那幼小的身影与幼时的鸣人重叠的佐助和五影一起，进入有敌人等待的异空间，向敌人发起了有着必死决心的挑战。
圣杯：传说中可实现持有者一切愿望的宝物。而为了得到圣杯的仪式就被称为圣杯戦争。 参加圣杯戦争的7名由圣杯选出的魔术师被称为御主（マスター，英文Master），与7名被称为从者（サーヴァント，英文Servant）的使魔订定契约。他们是由圣杯选择的七位英灵，被分为七个职阶，以使魔的身份被召唤出来。 七种职业分别为： 剑兵（セイバー，Saber），使用剑为主武器的英灵 枪兵（ランサー，Lancer），使用枪为主武器的英灵 弓兵（アーチャー，Archer），以弓箭为主武器的英灵 骑兵（ライダー，Rider），以骑乘工具作为武器的英灵 魔术师（キャスター，Caster），主要使用魔术攻击的英灵 暗杀者（アサシン，Assassin），暗杀战为主的山老一族 狂战士（バーサーカー，Berserker），以狂化代替智慧的英灵 圣杯承认的使用者只有一个，御主（Master）一定得与七种职业的从者（Servant）之一立下契约，证明自己是有资格拥有圣杯的人。《Fate/Zero》，2006年12月29日由TYPE-MOON与Nitro+合作发售的小说。为《Fate/stay night》的前传，以描述第四次圣杯之战为主，故事原著《Fate/stay night》则为第五次圣杯之战。 这里是故事的原点（zero）--- 为了获得圣杯能实现奇迹的法力，七个魔术士召唤出七人的英灵，展开了一场直到剩下最后一个人为止的终极战争----圣杯战争。 之前三次没有结果的战役不足以让这场战争结束，第四场战役如今有如弦上之箭，一触即发。 寄托着必胜的信念，魔术师们来到了被称作「冬木」的战场。但是在他们当中有一个人却不知道自己是为何而战。他叫---言峰绮礼。 命运的引导让绮礼逐渐失去了自己的判断力，他不明白为什么自己会被授予令咒。但是，命运很快地安排他遇到了一个命中注定的宿敌---卫宫切嗣。 这个男人想要得到圣杯的欲望比任何人都要强烈，使用的手段也是最残忍的。 在大人气游戏『Fate/stay night』中仅略有提到过的，十年前发生的「第四次圣杯战争」的真相。士郎的养父，凛的父亲，以及年轻气盛的言峰绮礼是如何参与这场战争的，真相即将浮出水面。
