莫凡迁至魔都，卷入“秘密事件”的调查中。过程中，莫凡帮助唐月脱困，意外获得玫炎火种，再度觉醒双系，目标直指明珠学府。大学生活开始，召唤系迎来“斗兽大赛”的挑战。
该动画通过展现伏羲与恶劣的自然条件斗争，克服重重困难，最终带领族民走向繁荣昌盛，展现了中华民族自强不息的奋斗精神。
无数细线横亘在星空之中，如同一把巨大的刷子。三体星舰队将于400年后抵达。遥远蝴蝶扇动着翅膀，也改变了罗辑的命运，轰然打开的门后是世界中心——面壁计划开启。同时，智子所创建的破壁室内，破壁人一一就位……
熊大、熊二、光头强意外地和来自未来世界的小亮一起穿越到100年后：世界发生巨大灾变，孢子植物全面侵占，人类在末日中艰难求生，整个地球危在旦夕！而这一切的罪魁祸首竟是......光头强？！ 100年前究竟发生了什么？小亮是敌是友？光头强为何背负恶名？人类命运最终会走向何方？熊强三人组能否穿透这层层迷雾，重启未来？
兔子经过艰苦奋斗，终于排除万难建立了新的种花家。然而兔子饱受鹰酱、大熊的孤立，不得已和单纯的河马们交了朋友。在兔子的经济、军事援助下，以坦黑叔为代表的河马实现了军事上的长足发展，兔子也终于在第三世界立稳脚跟。与此同时，兔子和毛熊的关系不断恶化，双方在珍宝岛爆发了武装冲突。没有永远的朋友，只有永远的利益。曾经视为寇雠的兔子与鹰酱相互试探，最终建交。为了遏制毛熊的势力，鹰酱协助种花家重返联合国，并给予了极大了武器输出支持。 种花家在兔子的带领下，一步步走向富强……
故事延续第二季主线，灵界与斗魂卫在利益纠葛之下冲突不断，本季灵界派出强盛军队欲对斗魂卫赶尽杀绝，两方势力都在以正在举办门宗大会的五法山为中心汇集，在这里发生着惨烈的战斗与冲突。
