在星奏学院里，学生被分为两类，一类是就读于普通科的平凡学生，另一类是就读于音乐科的能够看见音乐精灵的演奏天才。在一次偶然中，普通科的日野香穗子（高木礼子 配音）撞见了音乐精灵莉莉（水桥香织 配音）。莉莉赠予了完全不同音律的香穗子一把魔法小提琴，只要和小提琴心意相通，就算是完全没有经验的初学者也可以演奏出美妙的旋律。 凭借着魔法小提琴，香穗子被选中参加了学校的音乐演奏会。这突如其来的新人遭到了许多学生的妒忌和算计，但香穗子也因此结识了一帮热爱音乐的良师益友。冷酷毒舌的月森莲（谷山纪章 配音），沉默温柔的志水桂一（福山润 配音），开朗率真的土浦梁太郎（伊藤健太郎 配音），双重性格的柚木梓马（岸尾大辅 配音），在和这些天才们相处的过程中，香穗子发现，自己对于音乐的心意渐渐的发生了变化。
现在，全世界所有人都在使用的智能手机App。 那里潜藏着无人知晓的存在·Applimonster，通称“Appmon”。 Appmon是具备能够自主思考行动的人工智能的App生命体， 在人类世界与数码空间的间隙中，为系统及人类发挥着机能。 但，潜藏在网络之海中的“凶恶的最终BOSS人工智能·利维坦” 化作病毒控制了Appmon们，并开始黑入各个系统， 企图从网络一侧控制人类的世界。 主人公少年·新海春， 获得了被伟大的意志引导的“App驱动”， 并使来自“App芯片”的搜索App·GATCHIMON实体化了。 隐藏在“App驱动”中的谜团， 处在Appmon所潜藏的网络世界与现实世界之间的不可思议的“场”， 以及2只Appmon进化的“App合体”到底是什么？“利维坦”真正的目标究竟是……！？ 爱好读书的少年春，与搜索App的怪兽·GATCHIMON这一对凸凹组合， 奔驰于现代世界的新感觉搭档物语， 现在启动！
平凡的中学二年级少年影山茂夫，因其微弱的存在感而遭人戏称为“路人”，但不起眼的他其实是强大的天生超能力者。
