《阿优之兔智来了2》的故事延续《阿优之神奇萝卜》系列，故事讲述的是阿U和他的小伙伴们看守的那颗巨大的超级萝卜有天突然变小了，博士怀疑是巨石阵的土壤含有某种只对大萝卜有作用的特殊物质，而现在这些物质已经受到了破坏，大萝卜得不到营养开始萎缩。博士推测萝卜岛周围的岛屿上一定还有同样的土壤，可以让大萝卜恢复原状。孩子们主动要求承担这个寻找土壤的任务，为了帮助大家，博士送来一只名叫兔智的机器人，它不仅智慧超群，还拥有各种能力，在保护萝卜的过程中发挥了重要作用。但是兔菲依旧不放弃自己的梦想，他带领手下跳跳和甩耳开着飞行器一路跟随阿U他们，发誓要得到超级萝卜。
五千年前，对于修行有着无数憧憬的少年，却因体质特殊而无法突破炼体期，进入下一个修炼境界。他从远古神话时代一直修炼到了现代社会，站在繁华都市中，炼体期九万九千四百四十二层的轩辕铭。给自己定了一个小目标：先修炼到炼体期十万层！
入冷宫，失爱女，废后位。她是他的皇后，却是他最欲除去的人。冷心废后，复仇暴君，他是她的夙怨，她是他的屈辱。破茧重生，弃情绝爱，她载恨华丽归来。几番对决，她笑言，只差一步，可惜，你爱上了我。多番较量，他怒称，修罗地狱，也要你相伴左右。
“你这个恶毒小三，把我男友还给我！”“好啊，我来当你的男友吧~”艾小小，吃土少女一枚，人生第一次抓小三，结果小三是高富帅美男？人生已经如此艰难，恶毒小三怎么突然吻上她？！等等，吻一下而已，恶毒小三怎么突然长翅膀变鸟人（划掉）恶魔了啊！
小黑怪等黑暗势力的计划屡次被星猫和他的伙伴们粉碎，黑魔王大发雷霆。为了尽快搜集更大量的精神之光来解开自己身上的封印，黑魔王焦急地授意小黑怪去破坏孕育中华民族五千年文明的河流，并一路毁坏那些跟中华文明有关的事物。同时星猫带领的宇宙警卫队察觉到黑魔王的这次阴谋，决定阻止他们的破坏行动，保卫中华文明的发祥地，维护世界的和平。正义与邪恶的较量即将展开，到底小黑怪等黑暗势力会使出怎样邪恶的手段与阴谋，我们的星猫和他的外星伙伴们又该如何面对呢。
讲述了三个可爱又有各种小缺点的孩子为救父母，在故事奶奶的教导下，克服困难，打败了波波头的邪恶力量，净化了受污染的桃源仙境。最后，不仅救回了父母，自己也逐渐成长为有道德、负责任的美德少年。
