《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。
本季主要讲述了在始祖灵兽利用无尽能源替布莱克驱逐了体内的黑暗力量后，无尽能源便消失了，正当SPT 小队感到失望时，派特博士无意上发现了幻影金刚的芯片中记录着关于阿瑞斯水晶的传说… 于是战神联盟在SPT的协助下踏上了寻找阿瑞斯水晶的征途，在经历重重磨难，战神联盟终于扫平了阻碍，战胜了也想染指水晶的海盗和邪恶精灵，最终在一场公平的对决后，雷伊以实力最终赢得了阿瑞斯水晶，帮助赛尔们找回了无尽能源。
大BOSS玉王的生母，当朝的皇太后也终于出场，她对玉王因为莫小西而耽误了复仇大业极其不满，一心想要除掉莫小西，导致莫小西的处境更加艰难。好在此时，栾夏泽也真正喜欢上莫小西，栾夏泽残暴的性格也在潜移默化之中被她影响，慢慢变得温和起来，在一次玉王的谋反行动中，莫小西被牵连进来，栾夏泽为了救她，中毒生命危急，莫小西求助系统，系统给的却药品无法救助别人，莫小西只好回到现实世界，去寻求解药，终于治好栾夏泽，这时候栾夏泽和玉王都对莫小西的身份产生的怀疑。随着剧情的深入，莫小西的位分不断...
灰太狼费尽心思创造出各种发明来捉羊，却屡次失败。于是灰太狼来到发明星球，去抢宇宙级大发明家——妙多多发明的发明战车聚宝号来捉羊。慢羊羊得知后，准备造出另一个聚宝号对付灰太狼。但由于慢羊羊是普通发明家，不仅失败，还因此失去了发明能力。于是，小羊们也来到了发明星球。 一踏上发明星球，小羊们就被星球上不可思议的人和事所吸引：发明星球卧虎藏龙，居民都拥有自己专属的发明能力，是某一领域的发明高手。 小羊们通过新闻找到了妙多多，但聚宝号已经被灰太狼给抢走了。妙多多便给了小羊们他的另一辆发明战车——妙宝号来对抗灰太狼的聚宝号。由于聚宝号和妙宝号没有发明星球的能量来源——能量之芯，无法发挥最大功力。灰太狼便想尽各种办法，创造出各种发明来抢夺能量之芯。羊羊们便用妙宝号阻止灰太狼。妙多多还告诉小羊们只要妙宝号用发明帮助别人，积蓄能量，再配上能量之芯，可以使慢羊羊回复发明能力。于是，小羊们开始发挥奇思妙想，用发明解决居民们的花式求助。
原来饺子馆不是消失了，逝炎的能力是操纵光线，她的结界使得在里外的人看不见结界里面的任何东西。另一方面，辗迟和千钧看见饺子馆不见了紧张她们的安危，两人合力打破了结界，结果让逝炎逃走了，幸亏千钧及时出手使托盘又失而复得。只是她们不明白为什么逝炎在占优势的情况下没有伤害辰月？辗迟和千钧想起了弋痕夕，赶到了甄有钱家，并治好了甄有钱的女儿。并且，他们还解开了为什么逝炎没有直接附体甄有钱的原因——侠岚印记。为了感谢他们，甄有钱把磁杓给了弋痕夕师徒……
