该作围绕第一部剧情结束十年后的世界观展开。主人公·游城十代在前往决斗学院的入学考试的途中与传说中挑战者武藤游戏戏剧性的相遇，并接受了1张卡片。但十代因此而迟到错过了考试。为此十代恳求库洛诺斯教授让他通过考试，之后就展开了挑战者之路........
在美国的国际宇宙开发研究所，对开发宇宙有着无比热情的年轻研究员·冲一也自愿接受成为行星开发用改造人·代号“Super 1”的改造手术。 但是，知道Super 1存在的黑暗国家·多古马王国要求把Super 1交给他们。之后，拒绝交出Super 1的研究所被多古马派出的怪人所摧毁，存活下来的一也决心与多古马抗争到底，但现在以他自己的力量还不能变身。 一也为了学习变身的奥秘而回到日本，拜赤心寺门下，学习赤心少林拳。半年后，经过地狱般磨练的一也终于掌握了变身成Super 1的技巧，并展开了与多古马的怪人战斗。
电视动画《圣痕炼金士》改编自吉野弘幸原作、佐藤健悦作画的同名漫画。在漫画杂志《Champion RED》2009年7月号（2009年5月19日发售）上，发表了《圣痕炼金士》TV动画化的消息。电视动画于2010年1月9日首播，全24集。OVA动画第10.5集《女帝的肖像》随漫画单行本第10卷DVD限定版于2010年10月20日同捆推出。动画第2期《圣痕炼金士Ⅱ》于2011年4月11日播放。某一天，就读圣米海洛夫学园的织部真冬见到了男主角亚历山大·尼古拉叶维奇赫尔(昵称沙夏)，他是一个俄国少年，能够通过吸吮圣乳而自由地操纵铁元素的炼金士，左脸有十字架型的圣痕，幼年时的恐怖经历造就了他的冷酷个性，别号致命者沙夏。他的到来，使真冬以及灯的生活不再平静，卷入了炼金士们的战斗。埋藏长达两千年之久的圣像之迷，以这所学园为舞台展开了…………
不愿继承家业粗点心店的鹿田九，与热爱粗点心的不可思议美少女·萤。萤为了让九继承粗点心店，而开始屡次造访店中。与萤一同度过的九顺利地前进在成为粗点心店长的道路上……是不是这样还不清楚，不过与友人远藤豆、远藤彩一同度过的愉快的暑假仍将继续！？献上实际存在的粗点心作为礼物，美味而令人怀念的粗点心喜剧！请再一次地尽情享用到饱！！
高中生少年八坂真寻的面前突然出现了一位银发碧眼的美少女，她自称是克苏鲁神话中登场的邪神·奈亚拉托提普，并且是宇宙人。从那以后，以奈亚子和真寻为中心的邪神（宇宙人）和地球人所引起的尽是麻烦的每一天开始了。
我一直只相信我的剑。没有朋友，没有家人，也没有家可归——格斯，一个孤独的剑客，在一片被百年战争震撼的土地上作为雇佣兵四处奔波。胆量能够驾驭比他身高还长的剑，并轻松击败强大的敌人。 雇佣兵组织“鹰之团”的领导人格里菲斯盯上了他。格里菲斯有着从他美丽的外表和巨大的野心中无法想象的指挥能力，他在一次决斗中赢得了格斯，并把他带入了鹰之团，以实现自己的梦想。当他们一起经历无数次激烈的战斗时，他们的朋友因信任而结合在一起。格里菲斯和格斯之间的联系已经成为一种特殊的东西。 鹰之队最终崛起，成为米德兰王国的正规军，但这只是格里菲斯实现登顶目标的第一步。与此同时，格斯被格里菲斯的”梦想“所吸引，并开始质疑自己仅仅挥舞剑的生活。但格斯还不知道，他们无尽的梦想给他们带来的可怕命运……
