该作围绕第一部剧情结束十年后的世界观展开。主人公·游城十代在前往决斗学院的入学考试的途中与传说中挑战者武藤游戏戏剧性的相遇，并接受了1张卡片。但十代因此而迟到错过了考试。为此十代恳求库洛诺斯教授让他通过考试，之后就展开了挑战者之路........
时值19世纪末，大不列颠盛世的伦敦—— 莫里亚蒂伯爵家长子‧艾伯特非常厌恶深植于这国家的阶级制度。而在结识了家中从孤儿院收养来的一对兄弟后，他决定推动净化世界的壮阔计划。名侦探夏洛克‧福尔摩斯的宿敌·莫里亚蒂教授背后不为人知的故事正式揭幕！
“旭丘分校”的学生，仅有五人。虽然学年性格各不相同，但大家一起做菜、一起捉虫、一起试着练习乐器……春夏秋冬四季变换的乡村生活，一直都那么让人兴奋。虽然一如既往地平和，但在欢笑和感动当中，心中也变得温暖起来。悠哉悠哉的几位成员所度过的日常，再一次开始了。
平凡的高中生相川步，在莫名其妙的因缘下被卷入震惊社会的连环杀人案身亡，但他竟然死而复生了。原来在事件发生之前与步偶然邂逅的死灵法师“优”，将他变成了不死身而复活。再加上来自魔法世界的少女战士春奈，与另一个吸血忍者少女瑟拉芬，甚至演变成步跟她们全住在一起的局面。
2年生となる沢村栄純が、ついに春のセンバツ甲子園のデビューを果たす！目指すは全国の頂点のみ！！名門復活へ。青道高校野球部の快進撃が始まる！！
世界的に大流行する『ＵＮＩアプリ』。 強いファイターの優れたプレイングを元に、 始めたばかりでもすぐ強くなれる この夢のプログラムによって情勢は激変。 ヴァンガードはユニフォーマーズ一色となってゆく。 暗躍するマサノリの影、 各地の大会で優勝をさらう謎の男シロガネ、 ついに真の実力を露わにするハロナ、 最強の座に君臨し続けるソフィー、 そして兄の遺志を継ぎ“究極の一戦”を目指すジンキ。 いま実現しつつあるのはAIギィの理想、 誰もが最強になれる世界だ。 劣勢に立たされたユウユたちは 画一化されたヴァンガードを拒み、戦い続ける。 個性が活きる楽しいファイトのために！
