在远离尘世的海上，有一座美丽奇异的小岛。这座岛上，没有正义邪恶的划分，没有惊心动魄的大战。岛上住着的，是一群时而互帮互助，时而又打打闹闹的市井小民，但是这里的每一个人都有一段传奇的过去。这里便是二次元界的桃花源，美影大家庭居住的地方。
《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。
世界会变成什么样？灵犀阁最后一位阁主到底是谁？被释放的火领主会做什么？灵犀阁会怎么样？女王和黎灰会得到灵犀之力吗？店长辛灵会回来吗？
