《果宝特攻3》讲述了 菠萝吹雪 偶然间穿越到了 古代 的水果世界。古代水果尚未经过培植改良，都是野果， 菠萝吹雪 从他们身上学习到中华兵法及古代书画，立志成为为民除害的 英雄 。 菠萝吹雪 开始修复时光机的 旅程 ，竟然遇到了水果伙伴们的 祖先 ，最后帮助他们打败了 火龙果 ，并顺利回到 现代 。
四大宗门之首的玄灵宗，多年来第一次来临水城选拔弟子，方秦两家围绕这一个将决定二者命运的契机，展开明争暗斗。最终，秦南依靠潜心修炼、绝佳天资以及奇遇所得的战神之魂，在使者萧轻雪的公正判罚下，成功扭转颓势战胜方家。进入宗门后，秦南因卷入萧轻雪被逼婚一事，惹来宗主之子欧阳君的仇视。为了不断变强，报答萧轻雪的知遇之恩，秦南屡破强敌，连夺万象大比、外门大比第一、与四大宗门天才共闯武缘阁，并获得搅动大陆的惊天秘密，与冷锋约战生死殿、破北海家围困临水城之难，探索九字真言塔，誓与宗门恶势力战斗到底。
这是一个由人们的信赖造就英雄的世界，而获得最多信赖的英雄被誉为一一 X 。在这个世界里，人们的信赖是可以被数据统计出来的，并且这些数值会反映在每个人的手腕上。只要获得足够多的信赖值，普通人也能拥有超能力，成为拯救世界的超级英雄。然而，持续变化的信赖值让英雄之路充满未知．...
黑魔王用魔力将在天神星掉落的牙齿，变成龙牙兵到处作乱。能力进化的卷毛去攻击龙牙兵，结果越打越多，正当不知所措的时候，薇薇散发出强烈的净化之光将龙牙兵一举消灭。但是因为黑魔王的牙齿被狗将军误吞，所以龙牙兵还是源源不断的出现。薇薇撞见丑恶的龙牙兵，因恐惧而聚集能量变成水晶球要返回地球，怪卡和爷爷则驾驶水瓶号，藉水晶球能量一起前往地球，水晶球进入异次元通道。 星猫被黑魔王捉住，正在危急关头，水晶球从星猫肚子里的异次元通道飞出…… 为了继续对抗黑魔王，星猫搭乘魔法火车前往地球。黑魔王有了上次败仗的经验，决定改造小黑怪，创造了地魔、水魔、火魔、风魔四个最强黑怪。黑魔王本尊的能量也在逐渐的恢复。星猫连同卷毛、薇薇、怪卡和爷爷和邪恶的黑魔王继续战斗。
