《果宝特攻3》讲述了 菠萝吹雪 偶然间穿越到了 古代 的水果世界。古代水果尚未经过培植改良，都是野果， 菠萝吹雪 从他们身上学习到中华兵法及古代书画，立志成为为民除害的 英雄 。 菠萝吹雪 开始修复时光机的 旅程 ，竟然遇到了水果伙伴们的 祖先 ，最后帮助他们打败了 火龙果 ，并顺利回到 现代 。
新星历时代，星际联盟建立“伊甸园”系统，此后，人类自出生起便能远离一切痛苦烦恼。不幸的是，八大星系中仍有1%的人口无法接入“伊甸园”，他们被放逐到第八星系，成了人们口中的“残次品”。其时，联盟上将林静恒被人陷害，颠沛流离至第八星系，与满怀教育理想的青年陆必行相识。然而，生活看似平静，却暗流汹涌。联盟倾覆，海盗横行，二人只得带领“残次品”们展开星际冒险，揭开层层谜团。
炘南（吴建飞 饰）、北淼（柏栩栩 饰）、东杉（郭帅 饰）、西钊（张超 饰）和坤中（秦炎仕 饰）分别是来自五个不同村落的五位少年，因为继承了太阳系的守护者太阳星赐予地球的五颗光影石的力量，五人拥有了能够召唤神秘武器光影铠甲的能力。 他们的对手是邪恶而又残暴的暗影大帝。因为嫉妒地球的生机勃勃，暗影大帝派出了暗影五行魔入侵了地球。他们所带来的魔灵石拥有着黑化一切的能力，意在将地球上的生物赶尽杀绝。就这样，在代表光明的守护者和代表黑暗的暗影大帝之间，展开了一场激烈的战斗。少年们凭借他们的智慧和勇气，获得了一场又一场的胜利。
年仅七岁却超速生长的短命神童时江，为恢复正常生活，带着寄宿体内的某位大神仙闯入仙界
大启泰顺年间，太子封瑾琰常年卧病药石罔效，皇帝别无他法请国师伍年行招魂之法。却没想到伍年招来的，是九百年前开国太子封无豫的魂魄。随着种种事件的超能展开，一场延续了900年的覆国阴谋逐渐浮出水面。
