魔晶学院内战火重燃，暗黑势力再度来袭，魔晶少年团再度集结，他们又将面临一场更加艰巨凶险的挑战。危机面前，魔晶少年团能否再次突破重围，千瑞能否披上魔晶猎人的战袍带领大家化险为夷……
《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。
11000年前，宇宙高等文明德诺文明爆发内战，烈阳星主神太阳之光毁灭了德诺星系。诺星上将杜卡奥携带德诺星系的神河超级战士基因来到银河系地球。 公元2017年，烈阳星太阳之光蕾娜来到处于核前时代的银河系地球文明，同时隐藏于地球上的神河基因得到了激活，率先觉醒基因的是划破虚空的银河之力和弑神之力诺星战神。与此同时，监视地球神河基因许久的三个集团，天使集团、恶魔集团、超神学院各自行动。华夏超神学院率先迅速行动将分散于地球的神河超级战士聚在超神学院，取名代号——雄兵连，由太阳之光蕾娜担任队长指导战士们进行先进的尖端对抗战术学习。 恶魔女王莫甘娜化名凉冰来到地球暗中传播堕落自由主义，谋划着如何消灭神圣凯莎。 天使集团派出左翼护卫彦为首的代表前往地球，而天使彦告知，冥河文明饕餮先头部队已直逼地球。 同时，天使集团、恶魔集团的行动渐渐浮出了水面……
