故事时间为战国时代，世上具有各种魑魅魍魉、异形妖怪等等总称为「暗」的存在。喜欢人类的暗·妖狐小玉，以及厌恶人类的仙道·迅火，姊弟两人进行著扫荡罪恶的救世活动。另外还有一群专门对付暗的僧侣·断怪众，他们以不人道的方式进行人体改造，迅火等人与他们产生激烈冲突！人类当中也有坏人，非人类的存在也不见得都是邪恶的，迅火因过去的事而极其讨厌人类，但在旅程当中，也逐渐目睹到人类善良的一面，他是否能有所转变呢……
2012年日蚀的一天进行名为“魔宴（Shabbat）”仪式，从而诞生出魔物“魅影（Phantom）”肆虐。 本作主角操真晴人在此仪式中生还，如谜一般的白色魔法使把变身系统Wizard Driver交付给他并变身成为假面骑士Wizard。 从此踏入守护人类及与魔物战斗的命运。
15世纪的欧洲某国。在跳级中被允许进入大学的神童拉法尔。他回应了周围的期待，宣布将专攻当时最重要的神学。但是，从以前开始就热心投入的对天文的热情一直没有被抛弃。 有一天，他遇到了一位名叫休伯特的神秘学者。因为触犯了基于异端思想的禁忌而受到拷问，被关进监狱的休伯特。 他研究的是关于宇宙的冲击性的“某个假说”——。
时代的流淌逐渐泛起波澜。 乱世中，为野心而养精促锐者、企一展雄图者、为该守护之物而战斗者…… 这样，拥有不同梦想的人被命运的蚕丝牵结。 缔结成姊妹的关羽和张飞。 究竟，有何物在其前行之路上等待着呢？ “吾名为关羽。与吾一起平定此乱世吧！”
靠一己之力，独自击败了魔王军四天王的勇者雷欧·德蒙哈德。在成功讨伐魔王之后，因拥有太强的力量，被人民所忌惮，后加入了魔王军...
アニメ第3期 2015年放送決定
