《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。
基因石被毁，不料基因石能量逸出，飘散到地球各处，引发了异常现象，故事从变形机甲、机甲兽和变异战士三方之间的斗争展开。
汉明帝授史家后裔班超青铜燕符，让他出使西域，寻找长生之法和梦中金佛。班超探寻隐匿于京城的高手，墨家传人、盗门后人，夜郎蛊师等三十六人同行。除却完成皇帝心愿，还为了寻求史家渊源以及陷害自己父亲的凶手。
幽暗洞中，白蛇（张喆 配音）苦苦修炼却不得其法，小青见此情景，将发髻上的碧玉簪子取下，令白蛇攥在手中。那一刻，五百年前的记忆瞬间苏醒。五百年前，晚唐君主昏聩庸碌，掌握邪术的国师只手遮天，命令天下百姓捕蛇修法。为了拯救族群，白蛇冒险行刺，结果却遭遇挫败，还失去了记忆。当她再度醒来，发现自己被一个专门捕蛇的村落所救下，而那个胆小却善良的青年许宣（杨天翔 配音）则吸引了白蛇的注意。与此同时，国师派出爪牙四处追寻白蛇的下落，而蛇族更误解白蛇叛逃人类，接二连三派出杀手。 五百年后的一段姻缘，早在这乱世之间便已缔结……
