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女孩子穿透天花板，从2楼掉了下来！？ 住在破旧公寓里的我，唯一感到治愈的，是美人房东和2楼的可爱女孩。 某天，天花板发出嘎吱嘎吱的声音……“啪叽！”一声破裂了，那个2楼的女孩在我的正上方从天而降……！？ 通过奇迹般的桃色事件，偶然相连的心灵与身体。 之后，我竟然开始与2位美女共同生活！？ 同一屋檐下，过于浓密的三角关系会如何发展……！

　东京街头，数具男性尸体被发现，这是一场由“喰种”引发的大骚乱。大学生金木研（花江夏树 配音）原以为这一切离自己很遥远，直到一个夜里，他被自己心爱的女生袭击，原来她竟是以人肉为食的喰种。生命垂危的金木通过器官移植手术，才得以侥幸存活。而移植到金木体内的器官，来源竟然是喰种。 

　　痊愈后，金木发现自己的身体有了某种奇怪的变化，他的一只眼睛出现喰种反应，而且他再也无法进食正常人的食物。让他感到可怕的是，他开始觉得“人类”才是满足自己食欲的对象。曾经只是一个普通人类的金木，难道从此走上狩猎人类、吞食尸体的喰种之路？ 

　　一年一度的七夕即将到来，东京、神奈、静冈、长野等地却接连发生六起连环杀人案，被害者身边皆留下麻将牌中的七筒和奇怪暗示。由于作案范围过大，各地警署探员纷纷聚到东京警署的专案组共同研究案情，毛利小五郎也被邀请参加，柯南则偷偷听取了会议的内容。会后，柯南无意中听到群马县警部山村操哼唱的童谣，继而发现有黑衣组织的成员混进警察中间。在一次围捕行动中，柯南遇到假扮人质的Vermouth，得知近期一连串的杀人案件与存有组织内部人员资料的记忆卡有关。与此同时，潜入警察内部的间谍偷偷盗取工藤新一和柯南的指纹，新一的身份眼看被拆穿，巨大的危险正向他和身边的人急速袭来……

拯救将近毁灭的世界不是一件简单的任务。因此，当城之内获得了四人的异国旅行的机会，游戏和他的朋友决定要珍惜这次难得的旅行，大概他们是这么认为的吧！在到达他们的目的地之前，他们的飞机失事，他们到了一个荒芜人烟的森林，遇见了神秘的 Dr. Alex Brisbane。Dr. Alex Brisbane惊奇地发现了，距离埃非常悠远的这个地方，有一个秘密的金字塔，通往另一个世界，胶囊怪兽的世界。                                                                      　　当游戏和他的朋友进入这个金字塔的时候，他们魔法传送到远古生物居住的危险王国，他们在一个神秘的迷宫中迷路,为了要找到通道回家,作了许多试验。                                                                      　　当游戏在生命危险的时候，他把的决斗盘换为 Capsule Shooter，一场生死决斗开始

　　在德川幕府时代，日本幕府统治开始走向没落，对农民的压迫也空前惨烈，其时又有西方宗教传入日本，忍无可忍之下，暴发了农民起义，许多天主教农民揭竿而起反对幕府的统治，史称“岛原之乱”，轰动了整个日本，大大地冲击了当时的当权者。
　　当时的起义在1638年暴发，以妖异少年天草四郎为首的天主教徒，聚集农民和天主教徒三万七千余人发动了起义，攻击德川幕府的各地政权。起义军开始时势如破竹，连连击败幕府军队，攻下了几座城池，而且影响越来越大，参加进来的农民逐渐增多。德川幕府紧急调动各地诸侯的兵力十二万镇压起义农民，起义军和幕府诸侯军队血战3个多月后终因寡不敌众而失败，起义军领袖、年青的天主教徒天草四郎也被幕府军队抓获，被判斩首示众，他死前却大声疾呼：我将像天主基督一样复活！
　　这个事件过去不久，天草四郎却真的复活了！负责保护幕府政权的是武林世家柳生家族，他们坚守自己的职责和天草四郎展开了或大或小的战斗。其中，武林家族柳生派的第一高手是柳生十兵卫，他的家族武术渊源甚深，对剑术尤其精湛，而天草四郎则不断锻炼妖异魔法，也具备常人无法企及的法力，他们两人都感受到了对方的威胁，正邪激战一触即发……
　　故事中天草四郎以妖术打开地狱之门，召唤宫本武藏、荒木又右卫门、宝藏院胤舜等历代豪杰的鬼魂从魔界复活，企图毁灭德川政权，与知名剑豪柳生十兵卫，展开一场鬼哭神号的正邪对决。